R计算大栅格的地球移动距离答案

【问题标题】：R calculating Earth Mover's Distance for large rastersR计算大栅格的地球移动距离
【发布时间】：2016-07-23 09:06:36
【问题描述】：

我正在尝试使用 emd2d（来自 emdist 库，版本 0.3-1）对两个栅格之间的（不）相似性进行定量估计。以下代码对于小矩阵（~35x35）运行良好，但我的栅格要大得多（~5000x3000），并且出现内存错误：

emdr(A, B, dist = dist, ...) 中的错误：
无法在 emdist 中存储 (-1608.8 MB)

这里有一个示例代码来说明问题：

#test case:
library(emdist)
Rows = 40
Cols = 40
Mat1 = matrix( 
       seq(1,Rows*Cols), 
       nrow = Rows, 
       ncol = Cols) 

m0 <- matrix(0, Rows, Cols)
Mat_Rand = apply(m0, c(1,2), function(x) rnorm(1)) #sample(c(0,1),1))
Mat2 = Mat1 * Mat_Rand

emd2d(Mat1,Mat2,dist="euclidean")

我在 win7 64 位上运行 R R 版本 3.2.5。

谢谢

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【问题讨论】：

请说明问题？您可能内存不足。

标签： r matrix raster similarity

【解决方案1】：

要绕过内存限制，您可以对矩阵进行采样，例如随机选择每行 40 个中的 30 个和每列 40 个中的 30 个来形成一个新矩阵，从而将配对从超过 100 万个减少到不到 50 万个。

seed.set(1234)
row.rand = sample(1:40, 30)
col.rand = sample(1:40, 30)
Mat1.new = matrix(NA, 30,30)
Mat2.new = matrix(NA, 30,30)
for(i in 1:length(row.rand)){
    for(j in 1:length(col.rand)){
        Mat1.new[i,j] = Mat1[row.rand[i],col.rand[j]]
        Mat2.new[i,j] = Mat2[row.rand[i],col.rand[j]]
    }
} 
emd2d(Mat1.new, Mat2.new)

【讨论】：