在距离矩阵中查找 5 个最近样本的索引答案

【问题标题】：Find indices of 5 closest samples in distance matrix在距离矩阵中查找 5 个最近样本的索引
【发布时间】：2013-01-16 10:09:58
【问题描述】：

用户

我有一个距离矩阵 dMat，想找到离第一个最近的 5 个样本。我可以在 R 中使用什么功能？我知道如何找到最接近的样本（参见第 3 行代码），但不知道如何获取其他 4 个样本。

代码：

Mat <- replicate(10, rnorm(10))
dMat <- as.matrix(dist(Mat))
which(dMat[,1]==min(dMat[,1]))

第 3 行代码找到离第一个样本最近的样本的索引。

感谢您的帮助！

最好，切加

【问题讨论】：

标签： r matrix distance

【解决方案1】：

您可以使用order 来执行此操作：

head(order(dMat[-1,1]),5)+1
[1] 10  3  4  8  6

请注意，我删除了第一个，因为您可能不想包含您的参考点距自身 0 距离这一事实。

【讨论】：

感谢您的快速回复！请允许我问一个问题：我确实理解“顺序”和“头部”，但最后一个术语“+1”的目的是什么？

【解决方案2】：

替代使用sort:

sort(dMat[,1], index.return = TRUE)$ix[1:6]

在矩阵中使用random numbers 时添加set.seed(.) 会很好，这样我们就可以显示结果是相同的。我将跳过这里的结果。

编辑（正确的解决方案）：上述解决方案只有在第一个元素总是最小的情况下才有效！下面是正确的解决方案，它总是为列的第一个元素提供 5 个最接近的值：

> sort(abs(dMat[-1,1] - dMat[1,1]), index.return=TRUE)$ix[1:5] + 1

例子：

> dMat <- matrix(c(70,4,2,1,6,80,90,100,3), ncol=1)
# James' solution
> head(order(dMat[-1,1]),5) + 1
[1] 4 3 9 2 5 # values are 1,2,3,4,6 (wrong)
# old sort solution
> sort(dMat[,1], index.return = TRUE)$ix[1:6]
[1] 4 3 9 2 5 1 #  values are 1,2,3,4,6,70 (wrong)
# Correct solution
> sort(abs(dMat[-1,1] - dMat[1,1]), index.return=TRUE)$ix[1:5] + 1
[1] 6 7 8 5 2 # values are 80,90,100,6,4 (right)

【讨论】：

感谢 - 也感谢 set.seed() 的提示 - 绝对有意义！
一般情况的另一种选择是返回 n+1 个最接近的索引并删除第一个，即head(order(dMat[,1]),6)[-1]
@Arun 啊，是的，这仅在您想要引用元素 n 的列 n 时才有效。但这就是距离矩阵的返回值。