使用 R，一次循环两个文件

Question

您好，我最喜欢的编码专家，

我试图在 R 中一次遍历两个文件：即获取一个“案例”文件和另一个“控制”文件，创建一个图形并将其转储为 pdf，然后获取另一组 2 个文件并执行以此类推。我有一个列表，指示哪个文件是案例，哪个是控件，如下所示：

case   control
A01    G01
A02    G02
A06    G03

等等……可以这样复制： mylist

我找不到指定每次循环遍历哪两个文件的方法。 文件（每个文件都有很多变量）是：“/Users/francy/Desktop/cc_files_A01”、“/Users/francy/Desktop/cc_files_A02”、“/Users/francy/Desktop/cc_files_A06”、“/Users/francy /Desktop/cc_files_G01", "/Users/francy/Desktop/cc_files_G02", "/Users/francy/Desktop/cc_files_G03"

对于每一组case和control，我想这样做：

case<- read.table(file="/Users/francy/Desktop/case_files_A01.txt", sep = '\t', header = F)
case <- case[,c(1,2,19,20)]
colnames(case)<- c("ID", "fname", "lname", "Position")

control<- read.table(file="/Users/francy/Desktop/case_files_G01.txt", sep = '\t', header = F)
control <- control[,c(1,2,19,20)]
colnames(control)<-  c("ID", "fname", "lname", "Position")

#t-test Position: 
test<- t.test(case[20],control[20])
p.value= round(test$p.value, digits=3)
mean_case= round(mean(case[20], na.rm=T), digits=2)
mean_control= round(mean(control[20], na.rm=T), digits=2)

boxplot(c(case[20], control[20]), names=c(paste("case", "mean", mean_case,     sep=":"),paste("control", "mean", mean_control, sep=":")))

并且想要创建一个包含所有箱线图的 pdf 文件。

这是我现在拥有的：

myFiles <- list.files(path= "/mypath/", pattern=".txt")
pdf('/home/graph.pdf')
for (x in myFiles) {
  control <- read.table(file = myFiles[x], sep = '\t', header = F)
  ## How do I specify that is the other file here, and which file it is? 
  case <- read.table(file = myFiles[x], sep = '\t', header = F)
}

非常感谢任何帮助。谢谢！

Answer 1

为什么不通过列表将文件对传递给循环？

files <- list(
  c("fileA","fileB"),
  c("fileC","fileD")
  )

for( f in files ) {
  cat("~~~~~~~~\n")
  cat("f[1] is",f[1],"~ f[2] is",f[2],"\n")
}

循环第一次运行时，f 包含列表 files 的第一个元素。由于第一个元素是长度为 2 的字符向量，f[1] 包含该对的第一个文件名，f[2] 包含第二个。请参阅上述代码的打印输出，希望可以清楚地说明。

Answer 2

在这种情况下可能更有意义的是，从案例和控件的“列表”（data.frame？）中构建两个文件名。

如果此“列表”存在于 data.frame lcc 中，您可以执行以下操作：

for(i in seq(nrow(lcc)))
{
  currentcase<-lcc$case[i]
  currentcontrol<-lcc$control[i]
  currentcasefilename<-paste("someprefix_", currentcase, "_somepostfix.txt")
  currentcontrolfilename<-paste("someprefix_", currentcontrol, "_somepostfix.txt")
  #now open and process both files...
}

Answer 3

假设您的案例和控件列表位于名为 mylist 的 R 对象（数据框或矩阵）中：

for (x in seq_along(nrow(mylist)) {
  case <- read.table(file = paste("/my/path/", mylist[x, "case"], ".txt", sep = ""),
                       sep = "\t", header = F)
  control <- read.table(file = paste("/my/path/", mylist[x, "control"], ".txt", sep = ""),
                       sep = "\t", header = F)
    ## your code here ##
}