执行任务的循环函数 R答案

【问题标题】：A loop function R to perform the task执行任务的循环函数 R
【发布时间】：2021-06-18 07:49:38
【问题描述】：

我将文件存储在名为 file1.csv、file2.csv、file3.csv....file100.csv 的目录中。我必须运行一系列脚本，将文件名从 1、2、3...100 更改。脚本就像

a1 <- data2haplohh(hap_file="file1.csv", polarize_vcf=FALSE)

紧随其后

a_1<-subset(a1, min_maf=0.05)

我们如何在 R 中对这些 scipts 运行循环。我正在尝试但遇到错误。

【问题讨论】：

标签： r loops for-loop

【解决方案1】：

lapply 循环中的一种方法 -

filenames <- list.files(pattern = 'file\\d+\\.csv', full.names = TRUE)

result <- lapply(filenames, function(x) {
  a1 <- data2haplohh(hap_file=x, polarize_vcf=FALSE)
  subset(a1, min_maf==0.05)  
})

如果您有 100 个文件，result 应该是长度为 100 的列表。

【讨论】：

感谢您的回复。如果我们需要将 file2 的 a1 更新为 a2，那么正确的方法是什么。我试过 $i 但无法读取文件。我们最终需要按照各自的顺序编写这些输出文件。
@DevenderArora 如果您的最终目标是将其写回为新的 csv，请将最后一行更改为 write.csv(subset(a1, min_maf==0.05), paste0(tools::file_path_sans_ext(basename(x)), '_result.csv'), row.names = FALSE)，您不需要在全局环境中创建像 a1、a2 这样的对象。

【解决方案2】：

我们可以这样试试

list2env(
    setNames(
        lapply(
            seq(100),
            function(i) {
                subset(
                    data2haplohh(hap_file = sprintf("file%s.csv", i), polarize_vcf = FALSE),
                    min_maf = 0.05
                )
            }
        ), 
        paste0("a_", seq(100))
    ),
    envir = .GlobalEnv
)

【讨论】：

感谢它运行顺利的代码。我现在向代码添加了一个步骤，但它没有接缝来识别。继续a_1，我正在运行一个步骤以使用a_2