如何在 R 中创建一个循环以迭代地绘制数组的元素？

Question

我正在尝试创建一个循环以从先前创建的数组中提取数据，以便我可以使用提取的数据生成线图。

到目前为止，我一直在使用：

allweek1<-(data.frame(t_weekmean[,,1])) #which selects the date and generates the data frame I want to later format the date using
week1<-stack(allweek1) #and then plot it using
plot(week1$values,type="n", xlim=c(0,2),xlab="Weight (gr)",ylab="Rate (umol/L*gr)",main="All individuals and Treatments at all times")
lines(week1$values[week1$ind=="X9"]~x,type="o",col="red")
lines(week1$values[week1$ind=="X12"]~x,type="o",col="blue")
lines(week1$values[week1$ind=="X15"]~x,type="o",col="green")
lines(week1$values[week1$ind=="X18"]~x,type="o",col="purple").

我知道必须有一种方法可以将它变成一个循环，对于这个例子，我只给了两个星期，但我的数据会增加到 30，手动执行会很混乱，很容易出错。

这是我拥有的起始数组：

, , Week = 1

        Temp
variable       9      12      15      18
    X0   100.000 100.000 100.000 100.000
    X0.5  98.855  98.591  98.357  99.003
    X1    98.004  97.804  97.638  98.299
    X1.5  95.953  96.999  96.810  97.555
    X2    95.235  96.078  95.346  96.665

, , Week = 2

        Temp
variable       9      12      15      18
    X0   100.000 100.000 100.000 100.000
    X0.5  99.137  99.035  97.883  99.055
    X1    98.420  98.298  96.459  97.765
    X1.5  97.939  97.181  94.406  96.546
    X2    96.998  96.237  91.906  95.263

以下数据帧随后被转换为堆栈版本：

          X9     X12     X15     X18
X0   100.000 100.000 100.000 100.000
X0.5  98.855  98.591  98.357  99.003
X1    98.004  97.804  97.638  98.299
X1.5  95.953  96.999  96.810  97.555
X2    95.235  96.078  95.346  96.665

然后使用绘图代码。

Answer 1

听起来像是格子的任务：

X <- as.data.frame(as.table(t_weekmean), stringsAsFactors=FALSE, responseName="values")
X$variable <- as.numeric(gsub("^X","",X$variable))
X$Temp <- as.numeric(X$Temp)

require(lattice)
xyplot(values~variable|Week, groups=Temp, X, type="o", as.table=TRUE,
    xlab="Weight (gr)", ylab="Rate (umol/L*gr)", main="All individuals and Treatments at all times"
)

我将您的数据重新创建为：

t_weekmean <- structure(c(100, 98.855, 98.004, 95.953, 95.235, 100, 98.591, 97.804, 96.999, 96.078, 100, 98.357, 97.638, 96.81, 95.346, 100, 99.003, 98.299, 97.555, 96.665, 100, 99.137, 98.42, 97.939, 96.998, 
100, 99.035, 98.298, 97.181, 96.237, 100, 97.883, 96.459, 94.406, 91.906, 100, 99.055, 97.765, 96.546, 95.263, 99.9889679441867, 
98.8470416045204, 98.010997102523, 95.9636806506725, 95.235986063534, 100.00797414162, 98.5968712619705, 97.7984016535804, 96.9904933552904, 
96.0816877686208, 99.9946318131395, 98.3568674165109, 97.6357767063124, 96.8119443900658, 95.3441814383421, 99.989633272252, 99.0037062049508, 
98.3034580102509, 97.5568340624981, 96.6615796074679, 100.000379644977, 99.1375077671092, 98.4187321210541, 97.9350205929782, 97.0006243532971, 
100.003971157774, 99.0316462150477, 98.298322594611, 97.1782003010139, 96.239865449585, 100.002464797458, 97.8810655647218, 96.4592857614756, 
94.4099917372801, 91.9025173998885, 100.003642400375, 99.0529984607268, 97.76302246443, 96.5426428484451, 95.2658935513329),
.Dim = c(5L, 4L, 4L), .Dimnames = structure(list(variable = c("X0", "X0.5", "X1", "X1.5", "X2"),
Temp = c("9", "12", "15", "18"), Week = c("1", "2", "3", "4")), .Names = c("variable", "Temp", "Week"))
)

Answer 2

如果你使用plyr，你可以使用a_ply：

a_ply(t_weekmean, 3, function(arrayforcurweek){
allweek1<-(data.frame(arrayforcurweek)) #which selects the date and generates the data frame I want to later format the date using
week1<-stack(allweek1) #and then plot it using
plot(week1$values,type="n", xlim=c(0,2),xlab="Weight (gr)",ylab="Rate (umol/L*gr)",main="All individuals and Treatments at all times")
lines(week1$values[week1$ind=="X9"]~x,type="o",col="red")
lines(week1$values[week1$ind=="X12"]~x,type="o",col="blue")
lines(week1$values[week1$ind=="X15"]~x,type="o",col="green")
lines(week1$values[week1$ind=="X18"]~x,type="o",col="purple")
})

就像这样，您只会看到最后一张图，因为其余部分通常会被覆盖。所以你可能想要添加一个布局语句，或者在图表之间提供一个暂停等。

好的，根据您的评论提供更多信息：

a_ply 在这里接受 3 个参数：首先是执行操作的数组，其次是“边距”，意思是：我应该在哪个维度上迭代（这是“隐藏”循环），最后是一个函数执行所有部分。

那么会发生什么：a_ply 获取数组第三维的所有可能值（因为 margin==3），并在它们之上运行（您可以将其视为 for 循环中的索引器 i）。然后它为每个这些值获取数组的一部分（有点像t_weekmean[,,i]），并将其提供给作为第三个参数的函数（因此在这个函数中，连续的边缘数组将被称为arrayforcurweek）。

这种工作方式的问题在于，图形是连续快速生成的，因此如果您只是运行此代码并查看图像窗口，您应该只能看到第三维最后一个值的图形。如果您想看到所有这些都彼此相邻（尽管这会导致小图），您可以在其前面加上以下内容： 布局（矩阵（1:30），nrow=6） 这将导致屏幕被分成 30 个屏幕，以便每个绘图都有自己的全屏部分。

我相信，如果您立即写到 pdf 或类似文件，您不需要这个，但我没有这方面的经验。

这对你有帮助吗？