【问题标题】:R Markdown Chunk and Moving Around DirectoriesR Markdown 块和移动目录
【发布时间】:2018-03-06 18:49:19
【问题描述】:

如果我的 R Markdown 文档位于 "documents/report.Rmd" 中,我如何调用位于 "source_files/script1.R""source_files/script2.R" 中的源文件。我使用 Linux 和 Windows。我们还不如为所有 Mac 用户提供 OS X 的答案。如果我不知道更好,我会把它放在一个降价块中:

cd ..
source("source_files/script1.R")

【问题讨论】:

    标签: r r-markdown


    【解决方案1】:

    你可以使用命令

    knitr::opts_knit$set(root.dir = "path/to/project/directory")

    我喜欢使用 Rstudio,所以我会将 root.dir 设置为我的 .Rproj 文件所在的位置。然后,您可以像对待任何其他项目一样对待目录,只需使用来自root.dir 的相对路径来引用它们。

    请注意,此命令应放在您的第一个代码块中,即类似于以下内容

    ```{r setup, include = FALSE}
    knitr::opts_knit$set(root.dir = "path/to/dir/")
    ```
    

    并且此设置块中不应有其他需要此新目录的命令。你应该开始第二个块来使用你的source 命令

    【讨论】:

    • 可重复研究的第一条规则不是'不要使用目录路径'吗?如果我的路径是 c:\windows\user290\mydocuments 而你的路径是 macOS\macDesktop 那么你将无法运行我的代码?对吗?
    • @stackinator 是的,你说得对,这确实违反了 RR 的想法。使用具有复杂目录结构的 Rmd 文件并不总是一件容易的事。你可能想看看珍妮的要点here
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