如何遍历不同目录中的文件

Question

我想遍历多个文件并对它们应用一个函数。问题是这些文件都位于不同但名称相似的目录中。通路模式类似，但数量会根据它所涉及的家庭而变化。

例如，我的代码是这样写的：

for(i in 1:numfiles) {
    olddata <- read.table(paste("/home/smith/Family", i, "/Family", i, ".txt", sep="\t"),
                          header=T)      
    # FUNCTION GOES HERE

    write.table(newdata,
                paste("/home/smith/Family", i, "/Family", i, "test.txt",
                      sep = ",", quote=F, row.names=F)
}

我遇到的问题是家庭号码没有按数字顺序排列。有些仅标有数字（例如：2），而另一些则在该数字后附加了一个字母（例如：1a）

在每个家庭子目录（即家庭i）中，我想在同一个文件中调用（文件名完全相同，但编号（i）根据它所指的家庭而变化）。我想遍历这些特定文件。例如...对于家庭 1a，文件在此处：“/home/smith/Family1a/Family1a.txt”，但对于家庭 2，文件在此处：“/home/smith/Family2/Family2.txt”。

另外，R 不喜欢我使用 numfiles。

Answer 1

看看?list.files和?dir，例如：

files <- list.files("/home/smith", pattern="Family[[:alnum:]]+.txt", recursive=TRUE, full.names=TRUE)

for (currentFile in files) {
  olddata <- read.table(currentFile, header=TRUE)
  ## some code
  write.table(newdata, file=sub(pattern=".txt$", replacement="test.txt", x=currentFile))
}

或者：

dirs <- dir("/home/smith", pattern="Family[[:alnum:]]+$")

fileName <- file.path(dirs, paste0(dirs, ".txt"))
testFileName <- file.path(dirs, paste0(dirs, "_test.txt"))

for (i in seq(along=fileName))

  olddata <- read.table(fileName[i], header=TRUE)
  ## some code
  write.table(newdata, file=testFileName[i])
}