如何在 Rstudio 中使用 grep 和 fread？答案

【问题标题】：How to use grep with fread in Rstudio?如何在 Rstudio 中使用 grep 和 fread？
【发布时间】：2021-06-22 03:51:03
【问题描述】：

我有一个大的 csv 文件，我想将其导入 Rstudio。因为它太大（~29GB），我想一次只导入特定的行，而不是导入整个东西然后过滤。我一直在尝试在fread() 的cmd = 参数中使用grep，但是，我不断收到这样的消息

'grep' is not a recognized internal or external command, operable program, or batch file.

我已经安装了http://cygwin.com，甚至尝试手动将路径（C:\cygwin64\bin）添加到 Windows 环境，但仍然不断收到错误消息。

因此，我想我有两个问题：

使用 fread 将 CSV 导入 Rstudio 时如何让 grep 工作？
一旦 grep 工作，我将使用什么语法只导入包含特定字符串的行？

library(rgbif)
library(data.table)

#Download the csv (note: downloads a zip file ~7GB, unzipped ~29GB
occ_download_get("0299151-200613084148143") #add argument, path = ,if you want to direct the download

#I now only want to import the rows that contain "Acanthiza pusilla", for example.
fread() # it's here that I am unsure of the correct syntax

任何帮助将不胜感激。此外，如果您需要更多信息，请告诉我。谢谢

【问题讨论】：

更改路径后是否重新启动了 R？在 R 中，Sys.which("grep") 是否返回正确的路径。请准确显示您的fread() 代码的外观，以明确您尝试了什么。
谢谢@MrFlick。添加路径后，我确实忘记重新启动 R。从那以后，我想出了如何在 fread 中使用 grep。 @foreach 的回答也有帮助。我最终得到了以下工作fread(cmd = paste("grep", "Acanthiza.pusilla", filename))

标签： r grep fread

【解决方案1】：

fread(cmd='findstr /r Acanthiza.pusilla [your file location]"')
ex) fread(cmd='findstr /r Acanthiza.pusilla \"C:\\Users\\abc\\Documents\\test.csv\"')

【讨论】：