将矩阵转换为 data.table 的最快方法答案

【问题标题】：Fastest way to convert a matrix to a data.table将矩阵转换为 data.table 的最快方法
【发布时间】：2020-04-03 13:32:34
【问题描述】：

将如下矩阵转换为 data.table 的最快方法是什么？

mat <- matrix(1:9, nrow = 3)

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我可以使用下面的代码将其转换为 data.table

setDT(data.frame(mat))[]

但这是最快的方法吗？我们可以在不先将其转换为 data.frame 的情况下执行此操作吗？

【问题讨论】：

标签： r data.table

【解决方案1】：

这里有一些例子来讨论形成data.table的速度，即as.data.table、setDT(as.data.frame(mat))和setDT(data.frame(mat))。

当行数少于列数时：

mat <- matrix(1:5e3, nrow = 5)
microbenchmark(unit = "relative",
               as.data.table(mat),
               setDT(as.data.frame(mat))[],
               setDT(data.frame(mat))[])

Unit: relative
                        expr      min       lq     mean   median       uq      max neval
          as.data.table(mat) 1.433084 1.417747 1.340552 1.413278 1.414386 1.070289   100
 setDT(as.data.frame(mat))[] 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000   100
    setDT(data.frame(mat))[] 1.287526 1.281964 1.237544 1.284735 1.258662 1.186977   100

当行多于列时：

mat <- matrix(1:5e3, nrow = 5e2)
microbenchmark(unit = "relative",
               as.data.table(mat),
               setDT(as.data.frame(mat))[],
               setDT(data.frame(mat))[])

Unit: relative
                        expr      min       lq     mean   median       uq      max neval
          as.data.table(mat) 1.114003 1.041410 1.083238 1.070029 1.049262 1.254732   100
 setDT(as.data.frame(mat))[] 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000   100
    setDT(data.frame(mat))[] 1.680208 1.467538 1.482018 1.511009 1.479438 1.440440   100

备注： setDT(as.data.frame(mat))[]是速度的赢家

【讨论】：

哇，太棒了！有趣的是，相对的行数和列数会改变这两个函数的速度。谢谢你这么详细的回答！
为什么不用 as.data.frame 而不是 data.frame？
@jangorecki 谢谢！我只是使用OP的方法进行比较。我在基准测试中添加了as.data.frame，所以你可以看到更新
@johnc 请查看我的更新答案，看来setDT(as.data.frame(mat))[] 是迄今为止最快的
注意data.table有一个专门的C函数，应该会大大减少as.matrix.data.table方法的时间。状态见github.com/Rdatatable/data.table/pull/4144

【解决方案2】：

您可以使用magrittr 管道：

mat <- matrix(1:9, nrow = 3) %>% data.table()

没有magrittr：

mat <- data.table(matrix(1:9, nrow = 3))

【讨论】：

谢谢，马特！你会不会碰巧知道如何在不使用 data.table 以外的包的情况下转换它？
我更新了答案以包含data.table() 而不是as.data.frame()，但您需要magrittr 才能使用%>%。
哈哈，谢谢！我以为我必须使用 setDT() 并没有想到 data.table()。谢谢你，马特！
没问题！如果它解决了您的问题，请随时单击绿色复选标记以接受答案
抱歉，由于速度比较，我不得不接受另一个答案。希望我能同时接受。但我非常感谢您抽出时间来回答这个问题。