Shiny to Markdown PDF 在第二次和后续运行中失败答案

【问题标题】：Shiny to Markdown PDF Fails on Second and Subsequent RunsShiny to Markdown PDF 在第二次和后续运行中失败
【发布时间】：2018-09-12 19:34:22
【问题描述】：

我一直在努力学习本教程：generating reports

我已经能够让建议的代码成功运行并毫无问题地生成 PDF。当我尝试使用我自己的 .Rmd 文件运行 Shiny 应用程序时，它第一次运行良好并在需要的地方生成 PDF。在第二次和任何其他运行中，文件生成失败并显示 ! LaTeX Error: Unknown float option 'H'.

我尝试在 Markdown 文件的 YAML 标头中提及 {float} 包，但没有任何改进。唯一的成功似乎是删除了所有 r 代码块，这使我的文档看起来很稀疏。

这里是 app.R：

shinyApp(
  ui = fluidPage(
    sliderInput("slider", "Slider", 1, 100, 50),
    dateInput("dateinput", "Select a date"),
    downloadButton("report.pdf", "Generate report")
  ),
  server = function(input, output) {
    output$report.pdf <- downloadHandler(
      filename = "report.pdf",
      content = function(file) {
        tempReport <- file.path(tempdir(), "deviants.Rmd")
        file.copy("deviants.Rmd", tempReport, overwrite = TRUE)

        params <- list(n = input$slider, d = input$dateinput)
        print(class(params$n))
        print(class(params$d))
        print(params)

        rmarkdown::render(tempReport, output_file = file,
                          params = params,
                          envir = new.env(parent = globalenv())
        )
      }
    )
  }
)

和deviants.Rmd：

---
output: pdf_document
always_allow_html: yes
params:
  n: NA
  d: NA
header-includes:
- \usepackage{booktabs}
- \usepackage{sectsty} \subsectionfont{\centering}
- \usepackage{sectsty} \sectionfont{\centering}
- \usepackage{float{
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(grid)
library(png)
library(dplyr)
```

```{r echo=FALSE, results='asis'}
cat(params$n)
cat(params$d)
```

```{r echo=FALSE}
sampleMetrics <- data.frame(
  Sample = c("Threshold","A","2","4","11","C","DEF"),
  Length = c(">= 6", 10, 11, 11, 11, 11, 12),
  Experiment1 = c(">= 10000",5696,8006,6675,9477,5028,7093),
  Experiment2 = c(">= 10000", 21223, 27890, 34623, 24152, 25716, 45187),
  Sum = c(">=20000", 28409, 41895, 46181, 34129, 12244, 51910),
  Total1 = c("N/A", 41382, 132670, 78271, 89930, 98788, 13015),
  Total2 = c("N/A", 43170, 53280, 57568, 46584, 51156, 55045),
  stringsAsFactors = FALSE
)

super_cell_spec <- function(data, threshold) {
  cell_spec(as.numeric(data), "latex", background = ifelse(
    as.numeric(data) >= threshold, "#45ff41", "#ff4242"))
}
sampleMetrics$Length[-1] <- super_cell_spec(sampleMetrics$Length[-1], 6)
sampleMetrics$Experiment1[-1] <- super_cell_spec(
   sampleMetrics$Experiment1[-1], 10000)
sampleMetrics$Experiment2[-1] <- super_cell_spec(
   sampleMetrics$Experiment2[-1], 10000)
sampleMetrics$Sum[-1] <- super_cell_spec(sampleMetrics$Sum[-1], 20000)

sampleMetrics[1,] <- cell_spec(sampleMetrics[1,], "latex", 
   background = "#afafaf")

sampleMetrics%>%
  kable("latex", booktabs = F, escape = F, 
        col.names = linebreak(c("Sample",
          "Length", "Experiment 1", 
          "Experiment 2","Sum",
          "Total\n1", "Total\n2"), 
          align = "c")) %>%
  kable_styling(latex_options = "scale_down")
```

如果它第一次没有完美运行，我绝对不会感到困惑。也许与 app.R 中的envir = new.env(parent = globalenv()) 有关？感谢您的任何想法。

【问题讨论】：

删除创建的文件并在同一个会话中再次运行程序，让我知道会发生什么。
你是如何尝试加载float.sty的？可以直接处理Rmd吗？请尽量减少您的示例，即删除产生错误所需的所有内容。
@Chabo 似乎没有帮助，不过是个好主意。 @RalfStubner 现在编辑，可以缩小到最后一个代码块。编辑 YAML 以加载浮动，并且文件绝对可以正常编织。收到错误! Undefined control sequence. l.124 \multirow 加载浮动包。
在进行了一些挖掘之后，加载包时似乎发生了很多错误。我不得不加载像 multirow 和 float 这样的乳胶包来压缩这些包，但我仍然收到! Undefined control sequence 错误。 kable 和 kable_extra 不加载这些吗？

标签： r shiny r-markdown

【解决方案1】：

设法通过添加额外的包来解决这个问题，主要是通过! Undefined control sequence 错误的反复试验。它会报告multirow 的问题，我会查找要包含的正确乳胶包。

最后，我的 YAML Rmarkdown 标头看起来像：

---
output: pdf_document
always_allow_html: yes
params:
  d: NA
  st: NA
header-includes:
- \usepackage[table]{xcolor}
- \usepackage{makecell, tabularx, float, multirow, pgfplots}
- \usepackage{booktabs}
- \usepackage{sectsty} \subsectionfont{\centering}
- \usepackage{sectsty} \sectionfont{\centering}
---

这解决了问题。

【讨论】：