在 R 中为多行创建散点图答案

【问题标题】：Creating a scatter plot for multiple rows in R在 R 中为多行创建散点图
【发布时间】：2012-11-19 22:18:24
【问题描述】：

我有一个看起来像这样的数据框：

        Samp1    Samp2    Samp3     Samp4    Samp5
Gene1    84.1     45.2     34.3      54.6     76.2
Gene2    94.2     12.4     68.0      75.3     24.8
Gene3    29.5     10.5     43.2      39.5     45.5
...

我正在尝试创建一个散点图，其中 x 轴是样本（Samp1-5），y 轴是行（Gene1-3 等），但我想要每一行的数据在同一个图上绘制为不同的颜色。

关于如何在 R 中执行此操作的任何想法？我非常愿意在 R 中使用 ggplot2、lattice、car 或任何其他包。

【问题讨论】：

仅供参考：当您碰巧得到解决问题的答案时，如果您单击解决问题的答案旁边的小复选标记，这对整个网站非常有帮助。这样，未来的读者肯定知道该答案解决了您的问题。（当然，只有当答案确实解决了您的问题时，您才应该这样做。）
好的，谢谢@joran。会做 - 虽然我还没有解决这个问题。

标签： r plot ggplot2 lattice scatter-plot

【解决方案1】：

这是ggplot2的解决方案：

数据：

dat <- read.table(text="Samp1    Samp2    Samp3     Samp4    Samp5
  Gene1    84.1     45.2     34.3      54.6     76.2
  Gene2    94.2     12.4     68.0      75.3     24.8
  Gene3    29.5     10.5     43.2      39.5     45.5", header = TRUE)

剧情：

library(ggplot2)  
ggplot(stack(dat), aes(x = ind, y = values, colour = rownames(dat))) +
  geom_point()

【讨论】：

您好，为什么我在尝试重现您的示例时会出现此错误？错误：美学长度必须为 1，或与 dataProblems:rownames(dat) 长度相同

【解决方案2】：

如果您想在 lattice 或 ggplot2 中执行此操作，那么您可能需要将数据重塑为长格式，请参阅 reshape 函数或 reshape2 包。

对于基本图形，matplot 函数可能会执行您想要的操作，如果您不想要数字 1 到 5，您可能需要抑制 x 轴并使用 axis 函数添加您自己的作为轴刻度线。

【讨论】：

【解决方案3】：

将数据放入矩阵中：

foo <- as.matrix(structure(list(Samp1 = c(84.1, 94.2, 29.5),
    Samp2 = c(45.2, 12.4, 10.5),Samp3 = c(34.3, 68, 43.2),
    Samp4 = c(54.6, 75.3, 39.5),Samp5 = c(76.2, 24.8, 45.5)),
  .Names = c("Samp1", "Samp2","Samp3", "Samp4", "Samp5"),
  class = "data.frame", row.names = c("Gene1","Gene2", "Gene3")))

还有情节：

plot(seq(1,ncol(foo)),foo[1,],xlab="",ylab="",xaxt="n",
  pch=21,bg=1,ylim=c(min(foo),max(foo)))
axis(side=1,at=seq(1,ncol(foo)),labels=colnames(foo))
for ( ii in 2:nrow(foo) ) points(seq(1,ncol(foo)),foo[ii,],pch=21,col=ii,bg=ii)

请注意，我正在按颜色循环显示它们的数字 (col=ii,bg=ii)。见?palette。

您可能还想查看?legend。

【讨论】：

【解决方案4】：

在引入 tidyverse 之后，推荐的方式是使用 tidyr 将数据转换为长格式。例如

dat <- read.table(text="Gene Samp1    Samp2    Samp3     Samp4    Samp5
  Gene1    84.1     45.2     34.3      54.6     76.2
  Gene2    94.2     12.4     68.0      75.3     24.8
  Gene3    29.5     10.5     43.2      39.5     45.5", header = TRUE)

dat %>% 
  # transform data to long form
  tidyr::gather("sample", "value", contains("Samp")) %>%
  # plot the data
  ggplot(aes(x = sample, y = value, col = Gene)) + geom_point()

【讨论】：