R. 为数据框中的行范围分配颜色，生成 PCA 点图答案

【问题标题】：R. Assign colors to row ranges in data frame producing a PCA dot plotR. 为数据框中的行范围分配颜色，生成 PCA 点图
【发布时间】：2019-10-10 01:25:34
【问题描述】：

我有一个像这样的数据框 df1（实际上它有数千行）：

SampleID  PC1  PC2
SJ-27_SJ-27  0.0246128  0.0188152
SJ-28_SJ-28  0.0286733 -0.0145702
SJ-54_SJ-54  0.0344723  0.0236423
SJ-61_SJ-61  0.0265009  0.0202153
SJ-66_SJ-66  0.0303340  0.0071670
SJ-71_SJ-71 -0.0004866 -0.0037853

使用 R，我想绘制 PC1 与 PC2，例如：

plot(df1[,2], df1[,3])

但我想根据行号为绘图点赋予不同的颜色。例如，第 1-2 行为绿色，第 3-4 行为红色，第 5-6 行为灰色。我会在以下链接中得到这样的图像：

https://www.biostars.org/p/271694/

一定有一种非常简单的方法可以做到这一点，但我找不到。非常感谢。

【问题讨论】：

我猜行号不是这里重要的，而是行对应于某个变量组？在这种情况下，您可能希望添加一个包含可以映射到颜色的变量的列。你能澄清一下吗？
additg to @neilfws 评论：如果你有数千行，你希望情节有“千/ 2”颜色吗？
是的@neilfws，这就是我想要的
否@PavoDive，行的范围是不同的人群。例如，pop1：第 1-50 行，pop2：第 50-344 行，pop3：第 345-766 行等。每个种群将有 1 种颜色
@Lucas 你在哪里有那个映射？请阅读您的问题并帮助我找到第 1-50 行属于 pop1。如果你没有找到它，我鼓励你提供它。这是有人可以提供帮助的唯一方法。

标签： r plot colors pca

【解决方案1】：

在基数 R 中，您可以添加一列（或创建一个向量），其中包含人口组的因子变量，然后映射到颜色。使用您的示例数据：

df1$Grp <- factor(c("A", "A", "A", "B", "B", "B"))

plot(df1$PC1, df1$PC2, col = df1$Grp, pch = 16)

ggplot2 让您可以更好地控制颜色映射和自动图例：

library(ggplot2)
ggplot(df1, aes(PC1, PC2)) +
geom_point(aes(color = Grp)) +
theme_bw()

【讨论】：

您好@neilfws，请问我可以在您的示例中使用基本R 为“A”和“B”分配特定颜色吗？非常感谢
看?palette。