绘制一个儿子：如何改变颜色？答案

【问题标题】：Plotting a SOM: how to change the colours?绘制一个儿子：如何改变颜色？
【发布时间】：2016-05-09 08:31:31
【问题描述】：

我有以下数据集。

> ds
          dataset_clustering.CODICE_DOMANDA  FAT_AZI_MLN IMPORTO_PROGETTO NUM_ADDETTI Modelli Formazione
    22870                             22870 4.855849e-03       0.25386313 0.001403368       0          0
    22893                             22893 3.606493e-04       0.40618102 0.115209837       0          0
    16258                             16258 4.433197e-04       0.58254746 0.140670944       0          0
    14684                             14684 6.189941e-04       0.35717439 0.304330393       0          0
    12873                             12873 2.480110e-05       0.65121413 0.022654370       0          0
    12933                             12933 2.603806e-02       0.02551876 0.017107725       0          1
    12047                             12047 7.130316e-05       0.20094923 0.005012029       0          0
    22880                             22880 1.963420e-05       0.16556291 0.015503876       0          0
    11479                             11479 2.856260e-03       0.57615894 0.786688051       0          1
    20836                             20836 3.089804e-04       0.20640177 0.004611067       0          0
          Investimento Sostituzione CAMPANIA COSTRUZIONI ESITO
    22870            1            0        1           1     B
    22893            1            0        1           1     R
    16258            1            0        1           1     P
    14684            1            0        1           1     P
    12873            1            0        1           1     B
    12933            0            0        1           1     B
    12047            1            0        1           1     R
    22880            1            0        1           1     B
    11479            0            0        1           1     P
    20836            1            0        1           1     B

我想训练一个对数据集进行聚类的 SOM：

# Train a SOM
grid_type<-'hexagonal' # 'rectangular'
library(kohonen)
num_rows <- 3
num_cols <- 3
r_length <- 100 # 100 1000 10000 100000
tpsom<-paste(grid_type," (",num_rows,"x",num_cols,")")
set.seed(13)
#-------------------------------------------------------------------
somres <- som(as.matrix(ds[,2:length(colnames(ds))-1]),
              grid=somgrid(ydim=num_rows,xdim=num_cols,grid_type),
              rlen = r_length # default = 100
)
# Create a plot of the som
png("Example.png")
  par(mar=c(5.1,4.1,6.1,2.1))
  plot(somres,
       type = "counts",
       #main=paste("Analisi SOM - ","Numero di input per cella","\n")
       main=paste("Analisi SOM\n","Numero di input per cella","\n",
                  "Mappa: ",tpsom
       )
  )
dev.off()

如果我这样做，我会得到下图：

我不喜欢它自动设置颜色的方式，因为它看起来违反直觉。我想设置五种颜色，从白色开始变成浅红色，普通红色，深红色，深红色。否则，至少反转图形的颜色。

我不能使用参数 palette.name= 等等。如何修改颜色？如果我使用 ggplot，我会丢失我绘制 som 的属性 type = "counts"。

【问题讨论】：

你看过plot.kohonen中他们使用pallette.name的例子吗？它是一个函数。具体来说，在该帮助页面中，有一个名为coolBlueHotRed 的函数被传递给pallette.name。这适用于type = "counts"。
是的，最后我用过了。不过，我本来想改变颜色，但我不明白怎么做。例如红色上的颜色比例。 coolBlueHotRed 是一个函数也许我应该编写一个函数来生成我想要的颜色。我会明白的。同时，感谢您的评论。
在函数coolBlueHotRed中，将rainbow改为heat.colors。这将为您提供一系列红色到橙色到黄色的颜色范围。
我应该补充一点，实际上并没有内置的红色调色板，heat.colors() 拥有最多可用的红色。您可以制作自定义颜色集，但您必须自己创建颜色范围。 rgb() 和 hsv() 等函数将 RGB 或 HSV 格式的颜色转换为十六进制名称，可用于指定自定义颜色。另请查看colors()，了解 R 知道的内置颜色数组。
谢谢，它工作得很好。我认为你应该插入它作为答案！

标签： r plot colors som self-organizing-maps

【解决方案1】：

您是否考虑过使用“功能”来创建自己的调色板？您可以根据以下代码更改它们（n、alpha、rev = True/False）：

 customisedcolors <- function(n, alpha = 1) {
  heat.colors(n, alpha=alpha)[n:1]
}

最好的祝愿，启

【讨论】：