R中的着色图连接答案

【问题标题】：colouring graph connections in RR中的着色图连接
【发布时间】：2015-03-06 09:48:17
【问题描述】：

我在 R 中构建了一个图形，并成功地使用 if 语句为某些顶点着色，我使用 tkplot 函数来获得更好的可视化。
现在我有以下图表：

FROM    TO  
A   B
A   D
B   C
B   F
D   E
E   G
E   H
H   M
H   L
L   N

以及下面的顶点集

E  
L

我需要绘制图表，将 E 和 L 中的连接传入和传出以红色着色，而其他所有连接为黑色。
为了清楚起见，我需要以下红色连接线

FROM    TO
D   E
E   G
E   H
H   L
H   M

有解决办法吗？

【问题讨论】：

请提供完整的reproducible code。
嗨卢克，代码嵌入在其他计算中我只是一个例子，数据是从数据库中提取的，我在不同的情况下重现了大约 25 个不同的图表，我将尝试构建代码这个具体的例子是为了帮助你帮助我。
代码也应该是minimal - 一个小框架，您可以稍后将其应用到您的实际案例中。这包括必要的库调用、获取变量的 dput 等等。让所有人都更轻松 - 并为您提供答案。 :-)
'B = 矩阵（c（“A”，“A”，“B”，“B”，“D”，“E”，“E”，“H”，“H” , "L", "B","D","C","F","E","G","H","M","L","N"), ncol=2) B
我刚刚添加了一个乱七八糟的评论来重现数据:-)

标签： r graph colors tkplot

【解决方案1】：

使用edge.color 属性并不是唯一的方法。您还可以为每条边设置 color 属性，例如:
（更多关于V(g)和E(g)函数的信息可以在here找到）

library(igraph)

# initialize the graph
DF <- 
read.table(text=
"FROM TO  
A B
A D
B C
B F
D E
E G
E H
H M
H L
L N",header=T,stringsAsFactors=T)
g <- graph.data.frame(DF)

# set a color (black) attribute on all edges
E(g)$color <- 'black'
# set red color for the edges that have an incident vertex in the set 'E,L'
nodesSeq <- V(g)[name %in% c('E','L')]
E(g)[inc(nodesSeq)]$color <- 'red'

tkplot(g)

【讨论】：

P.S.抱歉，当我在 cmets 中注意到您的示例数据时，我已经编写了代码……无论如何，我认为您在将我的代码改编为您的代码时不会有任何问题；）

【解决方案2】：

只需用你想要的颜色创建一个颜色向量，对应B中的边缘：

library(igraph) 
B = matrix( c("A" ,"A", "B" ,"B","D","E", "E", "H", "H", "L", "B","D","C","F","E","G","H","M","L","N"), ncol=2) 
B<- data.frame(B) 
grf<- graph.data.frame (B, directed =TRUE, vertices=NULL) 
error<-array(c("E", "L")) 
V(grf)$color <- ifelse(V(grf)$name %in% error, "red", "yellow") 

col = rep("black", nrow(B)) 
col[B$X1 == "E" | B$X2 == "L"] <- "red" 
# or 
# col[B$X1 %in% c("E", "L") | B$X2 %in% c("E", "L")] <- "red" 
plot(grf, edge.color = col)
# or     
# tkplot(grf, edge.color = col)

【讨论】：

这是一个很好的解决方案，我会比较他们的牢度，谢谢lukeA