R plot- SGAM 绘图计数与时间 - 如何在 x 轴上获取日期？答案

【问题标题】：R plot- SGAM plot counts vs. time - how do I get dates on the x-axis?R plot- SGAM 绘图计数与时间 - 如何在 x 轴上获取日期？
【发布时间】：2010-05-08 00:45:28
【问题描述】：

我想用实际日期（实际年份，1997,1998...2010）绘制这个与时间的关系。日期采用原始格式，ala SAS，自 1960 年以来的天数（因此为 as.date 转换）。如果我使用 as.date 将日期转换为变量 x，并绘制 GAM 图，则会出现错误。它适用于原始天数。但我希望情节显示年份（数据不等间距）。

structure(list(site = c(928L, 928L, 928L, 928L, 928L, 928L, 928L, 
928L, 928L, 928L, 928L, 928L, 928L, 928L, 928L, 928L, 928L, 928L, 
928L, 928L, 928L, 928L, 928L, 928L, 928L, 928L), date = c(13493L, 
13534L, 13566L, 13611L, 13723L, 13752L, 13804L, 13837L, 13927L, 
14028L, 14082L, 14122L, 14150L, 14182L, 14199L, 16198L, 16279L, 
16607L, 16945L, 17545L, 17650L, 17743L, 17868L, 17941L, 18017L, 
18092L), y = c(7L, 7L, 17L, 18L, 17L, 17L, 10L, 3L, 17L, 24L, 
11L, 5L, 5L, 3L, 5L, 14L, 2L, 9L, 9L, 4L, 7L, 6L, 1L, 0L, 5L, 
0L)), .Names = c("site", "date", "y"), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-26L))

 sgam1 <- gam(sites$y ~ s(sites$date))
    sgam <- predict(sgam1, se=TRUE)
    plot(sites$date,sites$y,xaxt="n", xlab='Time', ylab='Counts')
    x<-as.Date(sites$date, origin="1960-01-01")
    axis(1, at=1:26,labels=x)

 lines(sites$date,sgam$fit, lty = 1)
 lines(sites$date,sgam$fit + 1.96* sgam$se, lty = 2)
 lines(sites$date,sgam$fit - 1.96* sgam$se, lty = 2)

ggplot2 有一个解决方案（它不介意 as.date 的事情），但它给我带来了其他问题......

【问题讨论】：

标签： r plot

【解决方案1】：

使用as.Date() 的origin= 参数来指定特定的偏移量：

R> as.Date(c(928, 928, 930), origin="1960-01-01")
[1] "1962-07-17" "1962-07-17" "1962-07-19"
R>

一旦您的数据具有 Date 类型，您就可以根据需要设置轴的格式。

【讨论】：

感谢您的意见。我已经使用 as.Date 转换了日期，但是实际的原始日期值显示在图表上 - 使得 x 轴从 ~14000:18000 开始，这是自 1960 年以来的天数。我希望它显示年。
显示命令。如果你得到 -14000:18000 那么它会被转换回数字，即你没有保留日期。尝试例如 'format(as.Date("1970-01-01")-365*2, "%Y")' 这将按预期产生 1968。
as.Date(sites$date, origin="1960-01-01") 是我使用的。我不知道为什么它被转换回来......

【解决方案2】：

sites <- read.table("349.txt", header = TRUE, sep = "\t", quote="\"", dec=".") 
p<-as.Date(sites$date, origin="1960-01-01")
sgam1 <- gam(sites$y ~ s(sites$date))
sgam <- predict(sgam1, se=TRUE)
plot(p,sites$y, xlab='Time', ylab='Counts')
 lines(p,sgam$fit, lty = 1)
 lines(p,sgam$fit + 1.96* sgam$se, lty = 2)
 lines(p,sgam$fit - 1.96* sgam$se, lty = 2)

这行得通！

【讨论】：