循环/或应用函数以将 igraph 对象列表馈送到 R 中的函数中

Question

我想创建一个 igraph 对象列表，然后将该列表输入到两个模拟信息传播的函数中。具体来说，我想生成一个随机生成的小世界和无标度网络列表，然后将这些列表输入两个函数，这些函数应用信息扩散的独立级联和线性阈值模型。

我可以使用 lapply 创建一个包含 1000 个唯一无标度 igraph 对象（大小为 100 个节点）的列表：

sample <- as.list(rep(100, 1000))
                 
list <- lapply(X = sample, FUN = sample_pa)

但是，对于需要参数的小世界函数来说，这并不容易：

sample <- as.list(rep(100, 1000))

list <- lapply(X = sample, FUN = sample_smallworld(dim = 1, size = 100, nei = 2, p = 0.25))

我收到此错误：

Error in match.fun(FUN) : 
'sample_smallworld(dim = 1, size = 100, nei = 2, p = 0.25)' is not a function, character or symbol

然后我想将这个 igraph 对象列表输入到来自influence.maximization package 的几个函数中：

# independent cascade:
out <- influence_ic(g, seeds, 1000, 0.5))
# linear threshold:
out2 <- influence_lt(g, seeds, 1000, 0.5)

这些函数接受 igraph 对象（g，这将是我在上面创建的列表）、种子（初始活动节点列表）、步骤（运行次数）和激活概率或阈值（在我的示例中为 0.5 )

如何修复我的 lapply 代码以接受 sample_smallworld() 函数，以及如何将这些 igraph 对象列表输入到这些影响函数中？最终，我希望从 1000 个唯一 igraph 对象中获得激活节点数的数据框或列表。

Answer 1

lapply() 的工作原理是将X 的元素传递到FUN 参数下列出的函数的第一个位置。然后可以使用... 按名称传递任何其他参数。

您似乎希望将sample 的元素作为值传递给sample_smallworld() 的size 参数。因此，最简单的方法可能是定义您自己的函数来重新排列参数的顺序，以便更轻松地使用lapply()，如下所示：

hundos <- as.list(rep(100, 1000))

my_sample_smallworld <- function(size, ...) {
  igraph::sample_smallworld(size = size, ...)
}

gs <- lapply(X = hundos, 
             FUN = my_sample_smallworld,
             dim = 1, 
             nei = 2, 
             p = 0.25)

^{由reprex package (v1.0.0) 于 2021-03-17 创建}

lapply() 与这个其他包的函数的应用将与sample_pa() 相同，因为您希望传入的对象将作为第一个参数传递。因此您不需要编写自定义函数：

out <- lapply(X = gs, 
              FUN = influence_ic, 
              seed = 1, 
              steps = 1000, 
              prob = 0.5)

out2 <- lapply(X = gs, 
               FUN = influence_lt, 
               seed = 1, 
               steps = 1000, 
               prob = 0.5)