在 R 中使用 select() 给出“错误输入必须解析为整数列位置”答案

【问题标题】：Using select() in R giving "Error inputs must resolve to integer column positions"在 R 中使用 select() 给出“错误输入必须解析为整数列位置”
【发布时间】：2019-01-31 18:37:38
【问题描述】：

我有一个脚本，它逐渐向现有数据框 (df1) 添加一些列，然后从中获取这些列的子集并将其输出为 df2，同时重命名列。

我之前在 dplyr 中使用过 select() 函数来执行此操作，并且它之前实际上已经在类似的数据集上工作过，所以我有点难过为什么它现在突然不工作了。我看过其他一些关于使用 select() 的帖子，但没有一个对我的问题有真正的帮助。

这是我正在使用的数据的列列表和第一行：

gene_id variant_id tss_distance ma_samples ma_count maf pval_nominal slope slope_se rsid chr pos ref_allele alt gene_id_new gene_name info
ENSG00000227232.4 1_13417_C_CGAGA_b37       -16136         50       50 0.07225430   0.00908288  0.3556660 0.1354910 rs777038595   1 13417          C CGAGA ENSG00000227232    WASH7P    1

这是我选择的代码：

parsed_columns = select(df1, chr = "chr",
                    pos = "pos",
                    ref = "ref_allele",
                    alt = "alt",
                    reffrq = "maf",
                    info = "info",
                    rs = "rsid",
                    pval = "pval_nominal",
                    effalt = "slope",
                    gene = "gene_name")

由此我收到一条错误消息，指出引号中的所有名称do not resolve to integer positions。

我最初以为我可能只是在函数的错误一侧使用了名称（例如，它应该是 rsid = "rs"），但随后您的列在两侧都相同（例如 pos = "pos" ) 并且据说也不存在。所以我有点卡住了。任何帮助将不胜感激。

【问题讨论】：

使用 select 函数，新列名应该放在等号左侧的引号中，例如 "rs" = rsid

标签： r dplyr

【解决方案1】：

使用 dplyr，您是否需要将列名放在引号中。只需添加引用数据框的列名就足够了。

更笼统地说，

df2 = select(df1,
             col1name = col1
             col2name = col2
             ...
             )

假设 col1、col2 等是 df1 中的有效列名。

试试你的 R 代码

parsed_columns = select(df1, chr = chr,
                    pos = pos,
                    ref = ref_allele,
                    alt = alt,
                    reffrq = maf,
                    info = info,
                    rs = rsid,
                    pval = pval_nominal,
                    effalt = slope,
                    gene = gene_name)

【讨论】：