如何从 R 中的聚合函数解释此错误答案

【问题标题】：How do I interpret this error from aggregate function in R如何从 R 中的聚合函数解释此错误
【发布时间】：2014-10-20 23:35:38
【问题描述】：

我需要一些关于聚合函数的帮助。这是我的数据：（它显示了三列，但我的理解是有两列，分别命名为 V1 和 V3。显示从 330 开始的数字的第一列是 row.names。）

我想在 V3 上使用 V1 作为键做一个简单的聚合函数，比如 mean。我感觉我的数据类型不正确，但我不知道如何转换！

> testing
                        V1                 V3
330 chr1_10440000_11000000   1.59987556934357
335 chr1_10440000_11000000    89.185531616211
338 chr1_10440000_11000000   1.25018584728241
340 chr1_10440000_11000000   5.91385841369629
342 chr1_10440000_11000000   1.68633282184601
345 chr1_11000000_11240000  0.118176721036434
349 chr1_11000000_11240000     9.131010055542
350 chr1_11000000_11240000 0.0575727485120296
352 chr1_11000000_11240000   11.7410087585449
353 chr1_11000000_11240000   10.5057544708252
356 chr1_11000000_11240000   2.35379362106323
360 chr1_11240000_12040000   0.08041662722826
363 chr1_11240000_12040000   1.62903010845184
366 chr1_11240000_12040000  0.039043802767992
368 chr1_11240000_12040000   1.90981948375702
369 chr1_11240000_12040000   7.19360542297363
370 chr1_11240000_12040000   5.95961284637451
371 chr1_11240000_12040000   4.40743684768677
372 chr1_11240000_12040000  0.600234627723694
373 chr1_11240000_12040000   20.9832191467285
>

这是我尝试使用的代码和相应的错误/警告消息：

> aggregate(testing, by=list(testing$V1), FUN=mean )
                 Group.1 V1 V3
1 chr1_10440000_11000000 NA NA
2 chr1_11000000_11240000 NA NA
3 chr1_11240000_12040000 NA NA
Warning messages:
1: In mean.default(X[[1L]], ...) :
  argument is not numeric or logical: returning NA
2: In mean.default(X[[2L]], ...) :
  argument is not numeric or logical: returning NA
3: In mean.default(X[[3L]], ...) :
  argument is not numeric or logical: returning NA
4: In mean.default(X[[1L]], ...) :
  argument is not numeric or logical: returning NA
5: In mean.default(X[[2L]], ...) :
  argument is not numeric or logical: returning NA
6: In mean.default(X[[3L]], ...) :
  argument is not numeric or logical: returning NA
>

【问题讨论】：

标签： r dataframe aggregate

【解决方案1】：

aggregate(V3 ~ V1, testing, FUN = function(x) mean(as.numeric(as.character(x))))

应该可以解决问题。在应用函数之前，变量被转换为数字。

【讨论】：

@DavidHaan 意思是：对V1中的每个唯一值应用函数到V3。
那么，我的真实数据框包含超过 2500 列，我怎样才能让这个函数适用于所有 2500 列？
@DavidHaan aggregate(testing[-1], by = list(testing$V1), FUN = function(x) mean(as.numeric(as.character(x))))
有没有办法在新列中也包含中位数？我试过了：aggregate(annotated_sample_data[,-1], by = list(annotated_sample_data$domain), FUN = function(x) c(mean(as.numeric(as.character(x))),median(as.numeric(as.character(x)))) 但这不起作用...
@DavidHaan 您可以使用aggregate 两次，一次用于平均值，一次用于中位数。然后你可以cbind将一个结果输出到另一个。

【解决方案2】：

我对 aggregate() 函数有同样的问题，在数据框的每个变量上单独使用 mean() 工作正常（根本没有错误），但是在聚合函数中使用 mean 得到警告并返回北美数据。使用建议的解决方案解决：

聚合(.~Fecha, data=meteorologia, FUN = function(x) mean(as.numeric(as.character(x))))

运行版本

版本 _
平台 x86_64-apple-darwin17.0
拱 x86_64
操作系统 darwin17.0
系统 x86_64、darwin17.0
状态
专业 4
次要 0.2
2020 年
06月
第 22 天
svn 版本 78730
语言 R
version.string R 版本 4.0.2 (2020-06-22) 昵称再次起飞

【讨论】：