如何根据特定列的值从数据框中构建矩阵？

Question

我有一个名为 df 的数据框，如下所示：

Genes         ID          Type 
CFH         MB-0002       Gain 
CFHR3       MB-0002       Gain 
DEFB131     MB-0003       Gain 
UNC93B5     MB-0003       Loss 
CCDC125     MB-0004       Loss 
CCNB1       MB-0002       Gain
CFH         MB-0004       Loss
CCNB1       MB-0003       Gain   

我想构建一个矩阵，比如Mat，并将其写入一个csv 文件，其中我将Genes 作为行，IDs 作为列。我想说：

• 1 如果对应的类型是Gain
• -1 如果对应的类型是Loss
• 0 在所有其他地方。

我的矩阵示例是：

                MB-0002 MB-0003 MB-0004
   CFH              1       0      -1
   CFHR3            1       0       0
   DEFB131          0       1       0
   UNC93B5          0      -1       0
   CCDC125          0       0      -1
   CCNB1            1       1       0

Answer 1

试试：

xtabs(c(1L, -1L)[Type] ~ ., data=df)
#         ID
#Genes     MB-0002 MB-0003 MB-0004
#  CCDC125       0       0      -1
#  CCNB1         1       1       0
#  CFH           1       0      -1
#  CFHR3         1       0       0
#  DEFB131       0       1       0
#  UNC93B5       0      -1       0

xtab() 与table() 类似，不同之处在于它采用一个包含每个级别组合的频率计数的变量。您可以使用as.data.frame() 将结果转换回数据框。

公式的左侧给出了“计数”（在本例中是要填充列联表的值）。它使用已知的技巧通过索引将因子转换为数字向量（请参阅?factor）。右侧的. 是“数据框中的其余变量”的快捷方式，在这种情况下相当于Genes + ID。