从 R 制作复杂的 yaml

Question

我正在尝试从 R 制作 yaml 格式文件。我知道有这样一个工作包，但它的示例非常简单，我的对象有点棘手！！

所以我想做类似下面的东西，但我不知道我应该如何将它塑造成 R 对象（数据框？！）：

tree:
  format: newick
  translate: ./My_example-1.translation
  file: ./Xtol_example-1.tree
tracks:
  - class: colorstrip
    source: ./My_example-1.catdomain

    rel_height: 0.6
    title: Catalytic domain
  - class: colorstrip
    source: ./My_example-1.kingdom
    rel_height: 0.6
    title: Itsname
  - class: colorstrip
    source: ./My_example-1.temp

Answer 1

我的简短建议 - 不要将 yaml 与 R 一起使用。

（编者注：此处记录的问题似乎已得到修复——请参阅 cmets。）

问题 1

R 中的 yaml 包似乎无法使用，但真正的问题似乎出在 R 上。但话说回来，在看到这个问题之前，我并没有理会 yaml，所以我对整个问题。

为了成功创建有问题的 yaml，在某些时候，我们必须有一个不是列表的列表向量（对于 tracks）。我认为在 R 中没有办法做到这一点。只要我们将元素添加到作为列表的向量中，向量就会变成一个列表。我猜一个向量只能采用固定大小的元素（因此简化了操作，因此具有良好的性能和大量的向量化建议）。

对于简单的原子类型，如数字、整数等，我想 R 解释器已经知道它们的大小（这是固定的）。但是如果元素是一个列表，那么这种奢侈就没有了，向量被转换为一个列表，以便它可以处理不同大小的元素（列表）。

因此，不能存在不是列表的列表向量，并且我们在 R 中将数据与 yaml 进行转换时遇到严重问题。

问题 2

R yaml 包的文档记录很差，我不知道它是如何解决问题的。我猜想它可能使用约定来绕过它。所以我试图做的是这个（这种方法也可以解决你的问题） - 将 yaml 作为 R 对象导入，然后尝试将该 R 对象转换为 yaml。

library("yaml")
z <- yaml.load(
"tree:
  format: newick
  translate: ./My_example-1.translation
  file: ./Xtol_example-1.tree
tracks:
  - class: colorstrip
    source: ./My_example-1.catdomain

    rel_height: 0.6
    title: Catalytic domain
  - class: colorstrip
    source: ./My_example-1.kingdom
    rel_height: 0.6
    title: Itsname
  - class: colorstrip
    source: ./My_example-1.temp")
names(z)
names(z$tracks)
y <- as.yaml(z)

如您所见，它不起作用。我认为您可以通过不尝试将 yaml 与 R 一起使用来为自己节省很多痛苦。您可以考虑使用 XML 或类似的东西。