R - ggplot2 geom_tile 创建与热图不同的图形答案

【问题标题】：R - ggplot2 geom_tile creates way different graph to heatmapR - ggplot2 geom_tile 创建与热图不同的图形
【发布时间】：2019-04-28 18:28:05
【问题描述】：

我想为一些数据集绘制热图。最初，我使用了热图功能，结果令人满意。然而，由于我所有的其他图表都是用 ggplot2 完成的，所以我也尝试用 ggplot2 来完成。然而，我得到了奇怪的图表，我不确定是什么原因。

给我一个数据集如下：

 > dput(B)
 structure(list(`2001` = c(510, 15, 14, 9, 8, 11, 7, 5, -1, -3),
 `2002` = c(397, -13, 5, 6, 12, -1, 0, 2, 5, 3), 
 `2003` = c(323, -6, -2, 1, 0, 6, -5, -2, 1, 4), 
 `2004` = c(133, -2, 2, -4, 0, 5, 8, -2, 0, 1), 
 `2005` = c(-100, -8, -6, -2, 1, 2, 2, 3, -6, -5), 
 `2006` = c(-114, -7, 2, -4, -2, 0, 1, 2, 4, -3), 
 `2007` = c(-130,-13, 0, 4, -3, -2, -1, 1, 2, 4), 
 `2008` = c(-38, -10, 4, 0, 3, 4, 2, 0, 0, 1), 
 `2009` = c(-194, -13, -5, -4, -3, -1, 0, 1, 1, 1), 
 `2010` = c(-202, -6, 0, -1, -5, -2, -3, -1, 2, -2)), 
 row.names = 0:9, class = "data.frame")

现在使用，

> heatmap(as.matrix(B), Colv = NA, Rowv = NA, col = cm.colors(10))

我得到了下面的热图，看起来很合理。

另一方面，与

C <- B
C$size <- row.names(C)
C <- melt(C, variable.name="year",id=c("size"))
ggplot(data = C) +                  
   geom_tile(aes(x = year, y = size, fill = value)) +
   scale_fill_gradientn(colors=cm.colors(10))

我得到以下信息

这是为什么？我该如何纠正这个问题，以便得到与第一个相似的情节？

【问题讨论】：

标签： r ggplot2 plot heatmap

【解决方案1】：

在热图中应用缩放。所以你需要扩展你的数据（根据size，在这种情况下）来重现类似的东西，例如：

C2 <- C %>% group_by(size) %>% mutate(rescale = scale(value))

ggplot(data = C2) +                  
  geom_tile(aes(x = year, y = size, fill = rescale)) +
  scale_fill_gradientn(colors=cm.colors(10))

还有其他选项，具体取决于您要想象的内容。例如，查看scale_fill_gradientn 中的limits 和values。

【讨论】：

【解决方案2】：

问题是size = 0 的数字比其他条目大得多。所以第二个热图是正确的，因为相对于给定的比例，其余值非常接近零。我会说第二个实际上是正确的，因为您可以看到在 size = 0 之外的数字大致相同，尤其是在第一行中发现的大量数字方面。我不太确定热图是如何工作的，并且它不提供比例，但我认为第二张图是有意义的，因为它给出了第一行之外的低可变性。

【讨论】：