如何更改ggplot热图中空单元格的填充颜色

Question

我有一个数据集，其中 x 变量有一些缺失值。例如，下面的数据框显示 181930 和 610 有一组完整的 x 变量，1-7，而 1044,1114 等只有一个。

label   xvar value
181930  1    0
181930  2    0
181930  3    1
181930  4    0
181930  5    0
181930  6    0
181930  7    1
610  1    0
610  2    0
610  3    0
610  4    0
610  5    1
610  6    1
610  7    0
1044  1    0
1114  1    0
1156  1    1
1378  1    0
1834  1    1

我想使用 ggplot 生成一个热图，显示值为 1 的单元格。到目前为止，这是我的代码，但是对于只有一个 xvar 的标签显示一个空白单元格，而我希望它有一个颜色（白色）以匹配 0 值。

ggplot(activeDF,aes(xvar,factor(label)))+
  geom_tile(aes(fill=value),colour='white')+ 
  scale_x_continuous(breaks=round(seq(0,7)))+
  scale_fill_gradient(high=brewer.pal(10,'PiYG')[8],low='white',na.value = 'white')

不幸的是，na.value 对我不起作用。这是一张照片：

Answer 1

有时在 ggplot2 中做某事的直接方法是在绘图之前操作您的数据集。在这种情况下，扩展您的数据集使其包含您要绘制的所有组合是一种选择。

我使用 tidyr::complete 以及包 dplyr 中的分组。这会为每个label 添加一个从 1 到 7 的 xvar 行。如果该行当前不存在，它将用NA 填充缺失值。 NA 似乎足以满足您的用例，但您也可以使用 fill 参数将缺失值设置为 0 或其他值。

library(dplyr)
library(tidyr)

longdf = activeDF %>%
     group_by(label) %>%
     complete(xvar = 1:7)

longdf

# A tibble: 49 x 3
# Groups:   label [7]
   label  xvar value
   <int> <int> <int>
 1   610     1     0
 2   610     2     0
 3   610     3     0
 4   610     4     0
 5   610     5     1
 6   610     6     1
 7   610     7     0
 8  1044     1     0
 9  1044     2    NA
10  1044     3    NA
# ... with 39 more rows

使用扩展的数据集，您的绘图现在扩展到整个数据范围，因此平铺已完成。

ggplot(longdf, aes(xvar, factor(label)) ) +
     geom_tile(aes(fill = value), colour = 'black') + 
     scale_x_continuous(breaks = round(seq(0, 7))) +
     scale_fill_gradient(high = brewer.pal(10, 'PiYG')[8], low='white', na.value = 'white')

Answer 2

试试这个+ theme(panel.background = element_rect(fill = 'white'))

ggplot(activeDF,aes(xvar,factor(label)))+
geom_tile(aes(fill=value),colour='white')+ 
scale_x_continuous(breaks=round(seq(0,7)))+
scale_fill_gradient(high=brewer.pal(10,'PiYG')[8],low='white',na.value = 'white') +
theme(panel.background = element_rect(fill = 'white'))