绘制两个具有相同单元格大小的热图答案

【问题标题】：draw two heatmap with the same cell size绘制两个具有相同单元格大小的热图
【发布时间】：2014-09-19 15:24:57
【问题描述】：

我正在使用 heatmap.2 分别绘制两个具有不同行数的热图。有什么方法可以设置绘图的输出，以使两个热图之间的实际单元格大小完全相同？

library(gplots)
data(mtcars)
x<-as.matrix(mtcars)
###  this heatmap has 32 rows
heatmap.2(x,key=F)


x1<-x[1:10,]
###  this heatmap has 10 rows
heatmap.2(x1,key=F)

【问题讨论】：

当你说单元格大小时，你是指行高吗？
@TARehman 是的，我希望输出图中每行的高度和每列的宽度都相同
如果你想试试ggplot2

标签： r plot

【解决方案1】：

这可以通过使用heatmap.2 的lmat、lhei 和lwid 参数来完成，尽管方式有些笨拙。这个参数被传递给layout 并布置图像的各个部分。

library(gplots)
data(mtcars)
x <- as.matrix(mtcars)
###  this heatmap has 32 rows
heatmap.2(x = x,
          key = F,
          lmat = matrix(c(4,2,3,1),
                        nrow=2,
                        ncol=2),
          lhei = c(0.1,0.9),
          lwid = c(0.3,0.7))

如您所见，矩阵参数给出的矩阵如下所示：

     [,1] [,2]
[1,]    4    3
[2,]    2    1

首先绘制热图，然后是行树状图，然后是列树状图。 lhei 和 lwid 的参数给出了 lmat 中描述的每个布局列和行的相对大小。有了一些创造力，您可以布置面板，让您可以根据需要上下移动东西。作为概念证明，我刚刚做了以下操作，将lhei 缩放为10/32。

x1<-x[1:10,]
###  this heatmap has 10 rows
heatmap.2(x = x1,
          key = F,
          lmat = matrix(c(4,2,3,1),
                        nrow=2,
                        ncol=2),
          lhei = c(1-0.9*(10/32),0.9*(10/32)),
          lwid = c(0.3,0.7))

之前：

之后：

【讨论】：

太酷了！非常感谢你。顺便说一句，您知道如何将行标签放在左侧，将树状图放在右侧吗？
不确定行标签，但有些选项看起来可能会有所帮助。对于树状图，您可以更改矩阵以将 2 放在该行的 1 之前，但您需要弄清楚如何让它从右到左。