【问题标题】:Batch R Script - setting the working directory and selecting output folder批处理 R 脚本 - 设置工作目录并选择输出文件夹
【发布时间】:2013-05-29 09:59:26
【问题描述】:

我一直在挖掘几个地方以满足 2 个简单的需求,但找不到最终答案。

我正在批处理模式下运行 R 脚本。不确定我的解决方案是否是最好的,但我正在使用 R CMD BATCH,按照 bat 文件中包含的http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/utils/html/BATCH.html

首先,我希望将保存 R 脚本的目录设置为工作目录,而不是保存 bat 文件的目录。

其次,我想将所有输出从 R 脚本(csv 文件和图表)转移到工作目录以外的特定目录。我找不到满足这种基本要求的任何选项。

最终的想法是无论 R 脚本保存在哪里,都能在不同的计算机上运行 bat 文件。

谢谢

【问题讨论】:

    标签: r batch-file working-directory


    【解决方案1】:

    你不提供代码,所以我的回答只是一个建议或者我会为这样的工作做什么。

    1. 使用Rscript.exe 这是批处理脚本的方式。 R CMD 是一种遗留工具。
    2. 您无需设置或更改工作目录。这是问题的根源
    3. 您可以在您想要的位置启动您的 bat 文件,然后在其中使用 cd 转到 R 脚本位置,例如您的 bat 文件可以是:

      cd R_SCRIPT_PATH
      Rscript youscript.R arg1 arg2
      
    4. 您可以使用脚本参数之一作为结果文件的输出目录。例如,在您的脚本中,您可以执行以下操作:

      args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
      resultpath <- as.character(args[1])
      .....
      write.table(res1, file=paste(resultpath,'res1.csv',sep='/')
      

    【讨论】:

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