对于声明为本地的规则，未在 snakemake 中激活 Conda 环境

Question

我在使用 Snakemake v5.26.1 时遇到问题，我不确定这是错误还是我做错了什么。

我有以下规则：

rule multiqc:
input:
    expand('results/{project}/fastqc/{sample}/{sample}_R{idx}_fastqc.{ext}', project=PROJECT, sample=SAMPLES, idx=[1,2], ext=['html', 'zip'])
output:
    html = 'results/{project}/fastqc/multiqc_report.html'
params:
    out = lambda wildcards, output: os.path.dirname(output['html'])
conda:
    'envs/multiqc.yaml'
shell:
    'multiqc --force -o {params.out} {params.out}'

其中multiqc.yaml 是安装了multiqc 的conda 环境的规范。

当我使用例如snakemake --profile profiles/local/ 在本地执行管道时，一切都按预期工作。当我使用tibanna：snakemake --profile profiles/aws/在云上执行代码时也是如此。到目前为止，一切顺利。

上述规则非常轻量级，在本地执行它是有意义的，所以我在Snakefile 的某处有声明localrules: all, multiqc，这就是问题开始的地方。在这种情况下，当我在云中执行代码时，似乎multiqc.yaml 中定义的conda 环境没有自动安装或激活，我收到command 'multiqc' not found 错误。我目前用来绕过这个问题的hack是在本地安装multiqc，但是这个解决方案很丑陋，它影响了管道的可移植性。我怀疑我可以通过使用安装了multiqc 的singularity 图像来解决这个问题，但最优雅的解决方案仍然是以某种方式使规则的conda: 'envs/multiqc.yaml' 部分起作用。

上述行为是预期的还是错误（在我的代码或snakemake 中）？解决此问题的最佳解决方案是什么（可能使用singularity 图像）？

非常感谢。

Answer 1

一些想法：

• 要激活 conda 环境，您需要在 snakemake 中添加选项 --use-conda，即snakemake --use-conda ...

• 你真的需要在自己的 conda 环境中执行 multiqc 吗？如果您可以在本地安装和运行 multiqc 而不会与其他 snakemake 规则发生冲突，我怀疑您不需要专门的环境。

• 如果以上所有方法都失败了，我宁愿将 multiqc 作为集群的作业而不是作为本地规则运行，以避免您提到的复杂解决方案。