R：尝试使用 roc 启动时出现错误“矩阵上的下标数不正确”答案

【问题标题】：R: Error "incorrect number of subscripts on matrix" when trying boot with rocR：尝试使用 roc 启动时出现错误“矩阵上的下标数不正确”
【发布时间】：2016-06-28 21:33:07
【问题描述】：

我正在使用 Rstudio，并尝试使用 roc 包中的 pROC 和 boot 进行引导。我正在关注this link 上的代码。该链接中的代码使用 boot 的另一个函数，它工作正常。但是当我尝试roc 时，它给出了错误。

下面是我的代码：（在输出中我打印了样本的尺寸以查看重新采样的次数。这里R=5，采样完成了6次然后出现错误）。

library(boot)

roc_boot <- function(D, d) {
  E=D[d,]
  print(dim(E))
  return(roc(E$x,E$y))
}

x = round(runif(100))
y = runif(100)
D = data.frame(x, y)

b = boot(D, roc_boot, R=5)

输出：

[1] 100   2
[1] 100   2
[1] 100   2
[1] 100   2
[1] 100   2
[1] 100   2
Error in boot(D, roc_boot, R = 5) : 
  incorrect number of subscripts on matrix

这里有什么问题？

如果我将roc 替换为sum 之类的其他函数，那么它可以完美运行（它会打印6 行而没有任何错误）。它在多次启动时也会给出不同的答案（同时保持D 相同）。

请注意，在完成所有重新采样后会出现错误。我找不到这个特定错误的来源。我查看了其他答案，例如this，但它们似乎不适用于我的情况。有人还可以解释为什么会发生此错误以及它的含义吗？

编辑：我使用以下函数仅返回曲线下的区域：

roc_boot <- function(D, d) {
  E=D[d,]
  objectROC <- roc(E$x,E$y)
  return(objectROC$auc)
}

这给出了曲线下面积的答案，但它与没有引导的答案相同，这意味着没有改善。由于引导，我需要传递整个 roc 对象以进行改进。

【问题讨论】：

您是要返回 roc 对象，还是计算 roc 下的面积？发生错误是因为 boot 正在寻找要从 statistic 参数返回的单个值。
@JimM。我想返回对象。那可能吗？我已经使用 roc 对象的$auc 返回了曲线下的区域。但在这种情况下，该区域与没有引导的区域相同。我怀疑我需要传递roc 对象才能由于引导而得到一些改进。我将编辑问题以添加此内容。
作为对代码的改进，我建议根据数据的可变性将引导程序的数量增加到 1000 左右。与仅返回 auc 统计数据相比，简单地通过引导 roc 对象不会导致改进（更高的 auc？）。如果你查看你的引导对象b，它会告诉你引导的平均值和在原始数据集上计算的 auc 之间的差异，也就是偏差。
你想达到什么目的？ Bootstrapping 可以衡量统计数据的不确定性。这不是直接在 ROC 曲线上定义的，这就是您需要 AUC 的原因。
顺便说一句，编辑后的代码对我来说似乎工作正常，并按预期为 AUC 提供了偏差和 std.error。 “没有改善”是什么意思？自举不会改善您的统计数据，它只会报告其不确定性。

标签： r runtime-error roc statistics-bootstrap

【解决方案1】：

事实证明，您不能从 boot 中的函数 statistic 返回 roc 对象。它必须是一个数值。因此，以下修改消除了错误（如问题中所编辑）

roc_boot <- function(D, d) {
  E=D[d,]
  objectROC <- roc(E$x,E$y)
  return(objectROC$auc)
}

此外，正如@Calimo 所建议的，boot 只会提高置信区间而不是实际答案。就我而言，置信区间略有改善。

【讨论】：