R 引导包：没有足够的内存来获得置信区间答案

【问题标题】：R boot package: not enough memory to get confidence intervalsR 引导包：没有足够的内存来获得置信区间
【发布时间】：2011-07-21 20:02:12
【问题描述】：

我在 R 中使用引导包运行了一个相当大的引导程序。

当我第一次运行 boot() 时，我得到了这个：

Error: cannot allocate vector of size 2.8 Gb

因此，为了获得引导对象，我必须使用“simple=TRUE”，它告诉 boot() 在开始时不要分配所有内存（根据 ?boot）。虽然花了几分钟，但效果很好。

现在我需要得到置信区间：

> boot.ci(vpe.bt, type="bca", simple=TRUE)
Error: cannot allocate vector of size 2.8 Gb

同样的问题！但根据 ?boot.ci，没有可以与此功能一起使用的“simple=TRUE”标志（我已经尝试过）。

那么，有没有办法使用 boot.ci() 来解决这个问题？

如果没有，我该怎么做才能增加它可以使用的内存量？

【问题讨论】：

对不起，我应该提一下我在 Ubuntu 11.04 中运行它。
您可以通过键入 memory.limit(4000) 来增加内存，例如，这会将 R 的内存增加到 4Gb。显然，您不能超过自己计算机的内存限制。至于你的错误，我不熟悉这个功能，但也许你做了太多的引导复制？当我尝试创建太大的矩阵时，我看到了这个错误。
也许这应该放在 StackOverflow 中？问题是关于 R 编程而不是统计数据。
@Alan，据我从 R 代码中可以看出，这可能是在 boot.ci 中使用 type = "bca" 导致了大内存分配。我只是简单地看了一下，但尝试另一个 type 参数，看看你是否还有分配问题。
您至少可以尝试debug(boot.ci)，然后再试一次，看看问题出现在boot.ci 的确切位置。

【解决方案1】：

在 R 中计算 bca（调整后的引导百分位数）置信区间需要创建一个“重要性数组”，其维度（观察次数）x（代表次数）。如果您没有足够的内存来处理此类矩阵的至少两个副本，则该函数将不起作用。

但是，基于正态的 (type='normal') 和基于百分位数的置信区间 (type='percent') 应该可以。

【讨论】：

【解决方案2】：

我不知道 boot.ci，但我在 32 位 Ubuntu 系统中遇到过类似的大型向量问题。 32 位系统的地址空间有限，在 64 位系统中可以解决。

64 位有一些缺点，主要是它仍然不是标准的，而且不是每个软件提供商都有他们软件的 64 位编译版本，Flash 播放器是我听说的最后一个只有 64 位的 beta 版本。这通常可以通过安装允许您在 64 位系统上运行 32 位软件的库来修正（尽管会降低性能）。

这些资源可能会进一步阐明这个问题：

【讨论】：