【发布时间】：2020-02-11 11:16:59
【问题描述】：
测试 RData：https://www.dropbox.com/s/hy56owg4mfjuxol/Test_Data.RData?dl=0
CSV： https://www.dropbox.com/s/hs6qpoxyg54ehid/Test_Data.csv?dl=0
注解： https://www.dropbox.com/s/akv66euwh3ulia2/Test_Data_Annotation?dl=0
绘制此数据集按预期运行：
pheatmap(t(pred.MDSC), fontsize=8)
但是，如果我随后尝试向其添加注释（使用文件中的 anno DF）：
pheatmap(t(pred.MDSC),fontsize=8,labels_col = rownames(anno), show_colnames = TRUE, annotation_col = anno)
返回错误：
Error in annotation_colors[[colnames(annotation)[i]]] :
subscript out of bounds
我做错了什么？
【问题讨论】：
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pred.MDSC的类是什么？它是一个列表吗？我的计算机无法加载您的 RData 文件。也许您可以尝试其他方式来提供您的数据，例如dput。 -
@DarrenTsai 我已经更新了文件。 pred.MDSC 现在是一个简单的 DF。
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加载您的 .Rdata 会引发错误。请以 .csv 或 .txt 格式提供数据。
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这与我发布的this one 相同。在绘图前运行
rownames(pred.MDSC) <- 1:nrow(pred.MDSC)。原因已在答案中说明。 -
@DarrenTsai 谢谢。那行得通。随意发布它作为答案。