如何强制行标签固定宽度并在 R 中的 pheatmap 中对齐？答案

【问题标题】：How to force the row labels in a fixed width and be aligned in pheatmap in R?如何强制行标签固定宽度并在 R 中的 pheatmap 中对齐？
【发布时间】：2020-02-22 13:10:47
【问题描述】：

通常在 R 的 pheatmap 中显示行标签是没有问题的。但是，请参阅我有一些复杂的行标签，它们是组合一个字符串的开头和另一个字符串的结尾的字符串。例如，“ABC**** 123”。

这是一个例子和我的代码：

library(pheatmap)
library(stringr)

# create an example
test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

# make random pvalue to show at the end of rownames
random.pvalue <- formatC(runif(n = 20,min = 0.0000000000001,max = 0.00000000001),format = "e",
                         digits = 2)

# creat new rownames with fixed width
add.label <- paste0(str_pad(rownames(test),
                    width=12, 
                    side="right"),
                    random.pvalue)

rownames(test) <- add.label # update rownames
# Draw heatmaps
pheatmap(test) # you could see the pvalues are not aligned

相信我，我通过在 R 中使用 formatC() 和 str_pad() 将这些行标签强制为固定宽度。但是，当我将 pheatmap 与这些行标签一起使用时，标签并没有像我想象的那样显示，它们就像下面，你可以清楚地看到行标签没有对齐，即使它们具有相同的字符串宽度。

 [1] "Gene1       7.77e-12" "Gene2       2.67e-12" "Gene3       8.67e-12" "Gene4       6.61e-12"
 [5] "Gene5       2.36e-12" "Gene6       3.09e-12" "Gene7       5.44e-12" "Gene8       3.18e-13"
 [9] "Gene9       1.34e-12" "Gene10      4.52e-12" "Gene11      2.03e-12" "Gene12      5.31e-12"
[13] "Gene13      9.66e-12" "Gene14      9.02e-12" "Gene15      2.91e-13" "Gene16      7.37e-13"
[17] "Gene17      7.95e-12" "Gene18      8.04e-12" "Gene19      8.31e-12" "Gene20      9.94e-12"

也许有人可以用一个简单的例子来教我如何解决这个问题。

非常感谢！

【问题讨论】：

嗨，苏格斯。请添加minimale reproducible example。最小代表的定义。示例正是不上传您的数据，而是仅提供重现您的问题所需的这么多（而不是更多）数据和代码。这样你就可以帮助别人帮助你！

标签： r string grid pheatmap

【解决方案1】：

您可以使用固定字体（不是比例字体）：

library(pheatmap)
library(grid)
library(stringr)
mat <- mtcars[1:10,1:6]
rn <- stringr::str_pad(rownames(mat), max(nchar(rownames(mat))), side = "right")
p <- signif(1e-9*mat[,4], digits = 4)
pheatmap::pheatmap(as.matrix(mtcars[1:10,1:6]), scale="column", 
    labels_row=paste(rn, p, sep="    "), fontfamily = "mono")

【讨论】：