R：有没有办法只生成相异矩阵的热图并按聚类对其进行排序？答案

【问题标题】：R: Is there a way to generate a heatmap of the dissimilarity matrix only and sort it by cluster?R：有没有办法只生成相异矩阵的热图并按聚类对其进行排序？
【发布时间】：2019-09-09 12:22:41
【问题描述】：

我正在使用 hclust 在 266 个观测值中查找集群。所有变量都是分类的。我正在尝试创建从 daisy 函数创建的相异矩阵的热图，以可视化集群内的相似性。我正在使用heatmap 函数：

heatmap(x, Rowv = NULL, Colv = if(symm)"Rowv" else NULL,
        distfun = dist, hclustfun = hclust,
        reorderfun = function(d, w) reorder(d, w),
        add.expr, symm = FALSE, revC = identical(Colv, "Rowv"),
        scale = c("row", "column", "none"), na.rm = TRUE,
        margins = c(5, 5), 
        cexRow = 0.2 + 1/log10(nr), cexCol = 0.2 + 1/log10(nc),
        labRow = NULL, labCol = NULL, main = NULL,
        xlab = NULL, ylab = NULL,
        keep.dendro = FALSE, verbose = getOption("verbose"))

但是，此函数要求 x 是一个数值矩阵。我尝试使用 data.matrix(data, metric="gower") 输入我的相异矩阵，但当我这样做时，它会将矩阵视为数据集。 heatmap.2 函数（可能有一些额外的设置）在我使用的 R 版本中不可用。

我的问题的第二部分是，是否有一种方法可以重新排列热图，使每个集群都清楚地标有下划线。我正在尝试：

x <- cutree(hclust.object, 4)
#cluster number=4
cluster.membership <- factor(assignCluster(data, data, x))

然后在heatmap函数中设置如下：

reorderfun = function(hclust.object, cluster.membership) reorder(hclust.object, cluster.membership)

结果似乎按预期排序。但是，我仍然找不到在热图上可视化聚类结果的方法（例如，通过使用图例）。

【问题讨论】：

标签： r heatmap categorical-data

【解决方案1】：

通过使用pheatmap 包中的pheatmap 函数，您可以根据您的相异矩阵生成带有聚类的热图。

假设data 是您的数据集，hclust.object 是基于相异矩阵生成的hclust 对象；

library(pheatmap)
pheatmap(data, cluster_rows = hclust.object, cutree_rows = 4)

应该给你热图，它是基于 hclust 对象聚类的，它是由你的相异矩阵生成的。 pheatmap函数中的其他参数也可以随意使用。

如需了解更多信息，请使用?pheatmap。

【讨论】：