Pheatmap：在树状图中重新排序叶子答案

【问题标题】：Pheatmap: Re-order leaves in dendogramPheatmap：在树状图中重新排序叶子
【发布时间】：2019-02-19 09:07:16
【问题描述】：

我使用 pheatmap 包基于层次聚类创建了一个带有相应树状图的热图。现在，我想更改树状图中叶子的顺序。最好使用最佳叶子方法。我已经四处搜索，但没有找到任何关于如何改变实现这一点的解决方案。

我会很感激有关如何使用最佳叶子方法更改叶子顺序的建议。

这是我的随机数据示例代码：

mat <- matrix(rgamma(1000, shape = 1) * 5, ncol = 50)
p <- pheatmap(mat, 
         clustering_distance_cols = "manhattan",
         cluster_cols=TRUE,
         cluster_rows=FALSE
         )

【问题讨论】：

标签： r pheatmap

【解决方案1】：

对于“最佳叶子排序”，您可以使用 seriation 库中的 order 方法。 pheatmap 接受 clustering_callback 参数。根据文档：

clustering_callback 回调函数来修改集群。使用两个参数调用：原始 hclust 对象和使用的矩阵用于聚类。必须返回一个 hclust 对象。

所以你需要构造一个回调函数，它接受hclust对象和初始矩阵并返回优化的hclust对象。

这是一个代码：

library(pheatmap)
library(seriation)

cl_cb <- function(hcl, mat){
    # Recalculate manhattan distances for reorder method
    dists <- dist(mat, method = "manhattan")

    # Perform reordering according to OLO method
    hclust_olo <- reorder(hcl, dists)
    return(hclust_olo)
}

mat <- matrix(rgamma(1000, shape = 1) * 5, ncol = 50)
p <- pheatmap(mat, 
         clustering_distance_cols = "manhattan",
         cluster_cols=TRUE,
         cluster_rows=FALSE,
         clustering_callback = cl_cb
         )

【讨论】：