如何反转热图中行图例的颜色？

【问题标题】：how to reverse the color of row legend in heatmap?如何反转热图中行图例的颜色？
【发布时间】：2016-04-12 16:09:01
【问题描述】：

我想反转行的默认注释：

library(NMF) #any other packages for this task are welcome
car<-cars
car$p<-sample(1:600, 50)*0.0001
aheatmap(as.matrix(cars[,1:2,drop=FALSE]),annRow =car[,"p",drop=FALSE])

正如您在行注释中看到的，0 表示白色，数字越大表示绿色越深。我想看到更小的 p，更深的绿色（或灰色）。

此外，如果可能的话，大于 0.05 的 p 将只呈现白色。

这对我来说真的很有挑战性。感谢您的任何帮助或 cmets

【问题讨论】：

标签： r heatmap pheatmap

【解决方案1】：

您可以使用annColors 参数更改颜色。这颠倒了绿白的顺序：

aheatmap(as.matrix(cars[,1:2,drop=FALSE]),annRow =car[,"p",drop=FALSE], annColors="-Greens")

要使 p=.05 以上的任何内容变为白色，您可以对数据进行子集化以使任何内容高于该值 NA 并进行相同的着色：

car$p[car$p>.05]<-NA
aheatmap(as.matrix(cars[,1:2,drop=FALSE]),annRow =car[,"p",drop=FALSE], annColors="-Greens")

【讨论】：

太好了，谢谢 jalapic