从 gmodels 中的 CrossTable 函数制作 corrplot答案

【问题标题】：Making a corrplot from CrossTable function in gmodels从 gmodels 中的 CrossTable 函数制作 corrplot
【发布时间】：2021-02-10 04:35:51
【问题描述】：

我想使用 gmodels 包中的 CrossTable 函数在我的数据集中评估 2 个二元变量种族和性别的卡方统计量，然后使用 corrplot 包可视化残差。这是我在 R 中的代码：

#Loading libraries

library(gmodels)

library(corrplot)

#Dataset

Datavisit1<- read_excel("~/Downloads/Datavisit1.xlsx")
Datavisit1 <- structure(list(PATIENTID = c(1548, 2371, 3843, 9573, 3352, 8590, 6217, 8503, 6610, 2783), DX = c("AS", "AS", "AS", "RA", "AS", "RA", "AS", "RA", "AS", "RA"), AGE = c(22, 74, 18, 22, 59, 45, 33, 20, 32, 60), ETH = c(0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0), SEX = c(1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1)), row.names = c(NA, -10L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame")) 
# replaced the useless call to load an Excel file the we don't have with comment.

#CrossTable

ethsex<- with(Datavisit1, CrossTable(ETH, SEX, prop.r = FALSE, prop.chisq = FALSE, 
                     prop.t = FALSE, chisq = TRUE, resid = TRUE, format = "SPSS"))

#Making Corrplot by extracting residuals from previous step

corrplot(ethsex$residuals, is.corr = FALSE)

我收到错误消息，说我需要矩阵或数据框。有人可以帮助我做错什么吗？本质上，我想得到一个像这样的漂亮图表，但对于 2x2 情况（种族和性别）：

Corrplot graph

提前谢谢你！

【问题讨论】：

可以分享dput(head(Datavisit1, 10))吗？这样我们就可以重现例子并尝试给你答案。
猜测是在使用 excel 文件时从 CrossTable() 中删除 format=SPSS，然后使用 as.data.frame(ethsex) 将 ethsex 强制转换为 data.frame
@AlvaroMartinez 您的第一条评论的答案是：structure(list(PATIENTID = c(1548, 2371, 3843, 9573, 3352, 8590, 6217, 8503, 6610, 2783), DX = c （“AS”、“AS”、“AS”、“RA”、“AS”、“RA”、“AS”、“RA”、“AS”、“RA”），AGE = c(22, 74, 18, 22, 59, 45, 33, 20, 32, 60), ETH = c(0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0), SEX = c(1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1)), row.names = c(NA, -10L), class= c("tbl_df", "tbl", "data.frame"))
对于ethsex$residuals，我得到NULL。从`str(ethsex)`我同样得到NULL。你确定 yoiu 应该使用CrossTable 来创建一个对象以供后续工作？如果您想要交叉制表，为什么不使用table？
@IRTFM 我也得到了 NULL。我不认为我从 CrossTable 函数中提取残差的代码是正确的......

标签： r chi-squared r-corrplot

【解决方案1】：

它似乎没有很好的文档记录，但省略 format="SPSS" 参数可以让您获得结果。进一步证明，残差是名为“chisq”m的列表项的子列表

str(ethsex) 
# ... removed a bunch of output lines
 $ chisq     :List of 9
  ..$ statistic: Named num 2.86
  .. ..- attr(*, "names")= chr "X-squared"
  ..$ parameter: Named int 1
  .. ..- attr(*, "names")= chr "df"
  ..$ p.value  : num 0.091
  ..$ method   : chr "Pearson's Chi-squared test"
  ..$ data.name: chr "t"
  ..$ observed : 'table' int [1:2, 1:2] 3 4 3 0
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. ..$ x: chr [1:2] "0" "1"
  .. .. ..$ y: chr [1:2] "0" "1"
  ..$ expected : num [1:2, 1:2] 4.2 2.8 1.8 1.2
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. ..$ x: chr [1:2] "0" "1"
  .. .. ..$ y: chr [1:2] "0" "1"
  ..$ residuals: 'table' num [1:2, 1:2] -0.586 0.717 0.894 -1.095
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. ..$ x: chr [1:2] "0" "1"
  .. .. ..$ y: chr [1:2] "0" "1"
  ..$ stdres   : 'table' num [1:2, 1:2] -1.69 1.69 1.69 -1.69
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. ..$ x: chr [1:2] "0" "1"
  .. .. ..$ y: chr [1:2] "0" "1"
  ..- attr(*, "class")= chr "htest"

所以这将是消除失败原因后所需的代码：

corrplot(ethsex$chisq$residuals, is.corr = FALSE)

如果您想成为 R 社区的好公民，您可以向包维护者发送一条关于这种不正当行为的说明：您可以使用此代码找到他的电子邮件地址。

 maintainer("gmodels")
 #[1] "Gregory R. Warnes <greg@warnes.net>"

【讨论】：