Python - 如何识别 FASTA 文件中的 EOL答案

【问题标题】：Python - How to recognize EOL in FASTA filePython - 如何识别 FASTA 文件中的 EOL
【发布时间】：2013-12-03 19:19:52
【问题描述】：

我有一个 python 脚本需要逐个字符地读取 FASTA 文件。为此，我一直在使用c = f.read(1)，其中 f 是打开的文件。我需要它来识别它何时到达行尾，但 '\n' 和 '\r' 似乎不起作用。我以前从未使用过这种文件类型，所以我不确定 FASTA 是否不同。有谁知道如何做到这一点？谢谢！

编辑：EOF != EOL。我知道如何找到文件的结尾。

编辑 2：我用来搜索 EOL 字符的行是这样的：

if c == '\n' or c == '\r':
    #operations to perform if found...

【问题讨论】：

只是想知道你为什么要这样做......你知道有无数的 FASTA 解析器和支持库来处理这种事情，对吧？
是的，但是我被告知要设计一种无需任何专门构建的解析器的方法，我自己设计
你是用文本模式还是二进制模式打开？
我已经在 Python 中为 FASTA 编写了解析器，并且使用标准的行尾字符可以正常工作。如果问题出在其他地方，也许您可以发布更多代码？
根据Wiki，EOL 是正常的，并与> 继续一行，直到下一个>，这样您就可以正常阅读行...您是否难以识别结尾序列?

标签： python eol fasta

【解决方案1】：

以universal newline模式打开文件：

with open('myfile.fasta', 'rU') as fp:
   ...

并将字符与'\n'进行比较：

if c == '\n':

【讨论】：

我从未听说过，但它似乎奏效了。谢谢！ :)