网络分析 - 操纵数据 - Shiny

Question

我正在使用networkD3 包，我正在尝试进行一些网络分析

假设我有这些数据：

src <- c("Dizzy Gillespie","Louis Armstrong","Max Roach","Charlie Parker","Charlie Parker")
target <- c("Chet Baker","Chet Baker","Peter Erskine","John Coltrane","Wayne Shorter")
group <- c("Trumpet","Trumpet","Drums","Saxophone","Saxophone")

networkData <- data.frame(src, target,group)

我已阅读此文档 https://christophergandrud.github.io/networkD3/，但他们不会告诉他们如何操作 MisLinks 和 MisNodes 上的数据以创建其他列...我如何操作我的数据框以便它可以工作在 forceNetwork() 函数上，就像在 Les miserables 数据上的函数一样？

Answer 1

你可以像这样直接使用simpleNetwork：simpleNetwork(networkData)

如果你想使用forceNetwork，帮助页面说Nodes数据框是“包含节点ID和节点属性的数据框。如果没有指定ID，那么节点必须在与 Links 数据框中的 Source 变量列的顺序相同。目前只允许一个分组变量。”，所以它应该看起来像这样......

#             names     group
# 1 Dizzy Gillespie   Trumpet
# 2 Louis Armstrong   Trumpet
# 3       Max Roach     Drums
# 4  Charlie Parker Saxophone
# 5      Chet Baker   Trumpet
# 6   Peter Erskine     Drums
# 7   John Coltrane Saxophone
# 8   Wayne Shorter Saxophone

您可以像这样从networkData 数据框创建...

col_names <- c("name", "group")
nodes <- rbind(setNames(networkData[c(1, 3)], col_names), 
               setNames(networkData[c(2, 3)], col_names))
nodes <- unique(nodes)

帮助页面说Links数据框是“一个数据框对象，其中包含节点之间的链接。它应该包括每个链接的源和目标。这些应该从0开始编号。一个可选的值变量可以包含以指定节点彼此之间的距离。”，所以它应该看起来像这样......

#   src target
# 1   0      4
# 2   1      4
# 3   2      5
# 4   3      6
# 5   3      7

然后您可以使用networkData 数据框和上面创建的nodes 数据框创建它...

networkData$src <- match(networkData$src, nodes$name) - 1
networkData$target <- match(networkData$target, nodes$name) - 1
networkData$group <- NULL

然后您将它们传递给forceNetwork 并告诉它您的数据框中列的名称，如下所示...

forceNetwork(Links = networkData, Nodes = nodes, Source = "src", 
             Target = "target", NodeID = "name", Group = "group")