将不同的 grViz 组合成一个图

Question

我想将不同的DiagrammeR 图组合成一个图形。这些图的生成如下例所示：

library(DiagrammeR)
pDia <- grViz("
digraph boxes_and_circles {

  # a 'graph' statement
  graph [overlap = true, fontsize = 10]

  # several 'node' statements
  node [shape = box,
        fontname = Helvetica]
  A; B; C; D; E; F

  node [shape = circle,
        fixedsize = true,
        width = 0.9] // sets as circles
  1; 2; 3; 4; 5; 6; 7; 8

  # several 'edge' statements
  A->1 B->2 B->3 B->4 C->A
  1->D E->A 2->4 1->5 1->F
  E->6 4->6 5->7 6->7 3->8
}
")

pDia

因此，我想将 pDia、"grViz" "htmlwidget" 类等图组合成带有 A、B 等标签的单个图像。我尝试使用 exportSVG 函数导出绘图的 svg 文件。因此，可以使用magick 包来导入和处理此类的不同图（即"grViz" "htmlwidget"）。但是，此功能在较新版本的DiagrammeR 包中不可用。有什么想法可以将这些图组合在一个可以导出到图形文件（例如 pdf 或 tiff）的图形中？

Answer 1

也许以下方法之一将适合您的需求。

1. 您可以通过将它们添加到相同的digraph 调用来添加其他/断开连接的图。例如，我们可以通过在另一个图之后添加节点和边来添加另外两个图（U -> V -> W 和 X -> Y -> Z）到图的右侧；您只需要确保节点的命名与前面图中的节点不同。但是，这可能会导致大型复杂脚本，并且可能不适合您的工作流程。

library(DiagrammeR)
pDia <- grViz("
digraph boxes_and_circles {

  # your existing graph here

  # 2nd graph
  U -> V -> W;
  
  # 3rd graph
  X -> Y -> Z;
}")

1. 鉴于您需要静态输出，直接访问graphviz 可能更容易。组合图的一种方法是将它们作为图像添加到现有节点。例如，如果您有两个图形保存为 png (other formats)：

cat(file="so-65040221.dot", 
" 
digraph boxes_and_circles {
  graph [overlap = true, fontsize = 10]
  node [shape = box, fontname = Helvetica]
  A; B; C; D; E; F
  node [shape = circle, fixedsize = true, width = 0.9] 
  1; 2; 3; 4; 5; 6; 7; 8
  A->1 B->2 B->3 B->4 C->A
  1->D E->A 2->4 1->5 1->F
  E->6 4->6 5->7 6->7 3->8
}")

# This will write out two pngs. We will use these as examples for us to combine
system("dot -Tpng -Gdpi=300 so-65040221.dot -o so-65040221A.png -o so-65040221B.png")

然后创建一个新图来读取 png 并将它们添加到节点

cat(file="so-65040221-combine.dot", 
'graph {
        node [shape=none]
        a [label="", image="so-65040221A.png"];
        b [label="", image="so-65040221B.png"];
}')

我们执行此操作并输出为 pdf

system("dot -Tpdf so-65040221-combine.dot > so-65040221-combine.pdf")
# or output tiff etc
# system("dot -Ttif so-65040221-combine.dot > so-65040221-combine.tiff")

然后，您可以通过在组合脚本中排列节点的方式排列多个图表。