强制“read_tsv”解压文件答案

【问题标题】：Force `read_tsv` to decompress file强制“read_tsv”解压文件
【发布时间】：2019-03-15 17:31:26
【问题描述】：

我想知道是否有办法让readr::read_tsv 读取带有.bgz 扩展名的块gzip 文件。我可以将文件重命名为 .gz（read_tsv 自动识别），这确实有效，但我不想每次收到新文件时都这样做。

谢谢！

【问题讨论】：

@MrFlick 感谢您的提示。这对我有用。您能否将其发布为答案以便我接受？

标签： r readr

【解决方案1】：

您可以传递连接对象而不是文件路径。例如

read_tsv(gzfile("data.bgz"))

gzfile() 函数将采用任何文件名。

【讨论】：

【解决方案2】：

如果文件是bgz，您可以通过 R 重命名文件：

library(fs)
library(stringr)
library(readr)
# Regular expression to find your dataset file named datasetname
# You'll need to change that to the actual name
tsv_file <- dir_ls(".", regexp = "datasetname.*\\.b?gz")
if (str_detect(tsv_file, "bgz"))
    file_move(tsv_file, str_replace(tsv_file, "bgz$", "gz"))
dataset <- read_tsv(tsv_file)

【讨论】：

感谢您的帮助。我确实通过在 shell 中使用 mv 重命名文件来尝试类似的方法。但是这些文件可能比较大，并且会与其他用户共享，所以我想避免重命名它们。