使用 ggplot 绘制 drc答案

【问题标题】：Plot drc using ggplot使用 ggplot 绘制 drc
【发布时间】：2021-07-01 12:15:03
【问题描述】：

我想使用ggplot 绘制剂量反应曲线，但是当我这样做时，它看起来非常不同。是否可以使用 ggplot 绘制曲线，因为它看起来与使用基础 R 中的 plot 函数绘制时完全一样？

关于drm model 摘要的第二个问题：哪个参数更能反映绑定：b、c、d 还是 e？

library(drm)
library(ggplot2)

test_data <- data.frame(Conc = c(0.0004882812, 0.001953125 ,0.0078125, 0.03125 ,0.125 ,0.5),
                        Response = c(1.616017 ,1.165835, 0.5783709, 0.3440007, 0.2668585, 0.2336709))


## plot drm model
model_drm <- drm(Response ~ Conc, data=test_data,
                 fct=LL.4())
summary(model_drm)
plot(model_drm)


## now using ggplot

  ggplot(test_data, aes(x = Conc, y = Response )) +
  geom_point() +
  stat_smooth(method = "drm",
              method.args = list(
                fct = LL.4()),se = FALSE)

Model fitted: Log-logistic (ED50 as parameter) (4 parms)

Parameter estimates:

                Estimate Std. Error t-value  p-value    
b:(Intercept) 1.15894518 0.08339821  13.896 0.005138 ** 
c:(Intercept) 0.24398009 0.01385086  17.615 0.003207 ** 
d:(Intercept) 1.81356338 0.05324814  34.059 0.000861 ***
e:(Intercept) 0.00261968 0.00020635  12.695 0.006148 ** 
---
Signif. codes:  
0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Residual standard error:

 0.01758151 (2 degrees of freedom)

编辑：添加对数转换导致不再绘制曲线：

ggplot(test_data, aes(x = Conc, y = Response )) +
  geom_point() +
  stat_smooth(
              method = "drm",
              method.args = list(
                fct = LL.4()
              ),
              se = FALSE
  )+
  scale_x_continuous(trans="log10")

【问题讨论】：

在我看来，plot() 正在使用 x 轴上以 10 为底的转换的日志。尝试将+ scale_x_continuous(trans="log10") 添加到您的ggplot 代码中。
谢谢，但我尝试了对数转换，它删除了曲线。 log2 和 log10。此外，当我试图用 geom_line 来补偿它时，它并没有画出正确的曲线。仅将点相互连接。
如果我将method="drm" 替换为method="loess"（并删除method.args=...），我会得到预期的行为：出现该行。这表明 method ="drm" 存在问题 - 我认为这是由 drm 包提供的。

标签： r ggplot2

【解决方案1】：

X 轴需要进行 log10 缩放。我们也可以重用已经完成的模型计算。

ggplot(cbind(test_data, fit = fitted(model_drm)), aes(x = Conc, y = Response )) +
   geom_point() +
   geom_line(aes(y = fit)) +
   scale_x_continuous(trans = "log10")

【讨论】：

【解决方案2】：

ggplot(test_data, aes(x = Conc, y = Response )) +
  geom_point() +
  geom_line(aes(y = predict(model_drm))) +
  scale_x_log10()

【讨论】：