IRkernel 找不到 jupyter（安装在 Anaconda 中）Ubuntu 16.04答案

【问题标题】：IRkernel cannot find jupyter (which is installed in Anaconda) Ubuntu 16.04IRkernel 找不到 jupyter（安装在 Anaconda 中）Ubuntu 16.04
【发布时间】：2016-06-27 22:27:24
【问题描述】：

所有软件包都安装良好（'pbdZMQ'、'repr'、'devtools'、'IRdisplay'、'IRkernel'）。

IRkernel::installspec()

但是上面的命令给出了一个错误“必须安装 Jupyter 或 IPython 3.0”。 jupyter 安装在 Anaconda (python 2.7.11) 中，可与 Python 和 Julia 一起使用。

【问题讨论】：

如果您使用 anaconda，conda install -c r r-irkernel 是获得工作 r-kernel 的最简单方法。
谢谢。我安装了一个带有 jupyter & r-essentials 的 Python 3.5 环境。 conda create -n renv python=3.5。 conda install -n renv jupyter。 conda install -n renv -c r r-essentials.
我遇到了同样的问题，分两步解决了。就我而言，这是一个路径问题。首先，在 RStudio 中，print(system.file("kernelspec", package = "IRkernel"))。然后，我使用输出在终端中运行它：jupyter kernelspec install --replace --name ir --user /home/lincoln/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/IRkernel/kernelspec。使用第一个命令的输出对其进行调整。

标签： r anaconda jupyter ubuntu-16.04

【解决方案1】：

今天早上我在教程中遇到了同样的问题——在同一个平台上。

查看我的pull request to the documentation here -- 一旦我将pip / pip3 创建的bin/ 目录添加到$PATH，它就对我有用。但是，我使用的是普通的 Python，而不是过于庞大的 Anaconda 安装。

【讨论】：

Anaconda 将 /bin 添加到 .bashrc 的 $PATH 中。 which jupyter 指向这个目录。
好点。也许你只需要（重新）获取~/.bashrc。

【解决方案2】：

我最初收到与使用 Ubuntu 16.04 的 OP 相同的错误

由于@Dirk 对文档的拉取请求，我相信此注释已添加到Installation Instructions。

On OS X, be sure to execute this in R started from the Terminal, not the R App!
(This is because the R app doesn’t honor $PATH changes in ~/.bash_profile)

在 Ubuntu 中从终端启动 R 后，我能够按照这些说明进行操作，因此不再收到错误消息：

install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'evaluate', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools', 'uuid', 'digest'))
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')

在 R shell 中输入上述命令后，我从终端（不是 R shell）打开了 Jupyter-Notebook。 R 现在是 Python 3 的一个选项。

然后在笔记本中，我重新输入了以下命令：

install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'evaluate', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools', 'uuid', 'digest'))
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
IRkernel::installspec()

虽然前两个命令返回“非零退出状态警告”，但 IRkernel::installspec() 成功执行且没有错误。

R 现在可以在 Ubuntu 16.04 中正常运行

【讨论】：

在 Ubuntu 16.04 中使用“sudo R”在终端中启动 R 后，我仍然遇到相同的错误（找不到 jupyter）
@RockPereira 我已更新回复以解决您的问题。看来我遇到了和你一样的错误，但是 R 仍然出现在 Jupyter 中并且现在运行正常。