Biopython for Anaconda on OSX“No module named 'Bio'”错误

Question

当我在 Mac 上的 Anaconda 中的 Jupyter 笔记本中 import Bio 时出现此错误：No module named 'Bio'。

Answer 1

不知何故，导入设置奇怪地区分大小写。这将解决它：

# Installing the biopython libraries in this runtime environment
!pip3 install biopython==1.78

# The next two lines fix the error "No module named 'Bio'"
# that occurs with an Anaconda Navigator installation on OSX
# by making python imports case insensitive
import os
os.environ['PYTHONCASEOK'] = '1'

# On to regularly scheduled imports.
import Bio

进一步的实验表明，其他排列在 google colab 和 Jupyter 中都不起作用；我不知道为什么：

我对此进行了一些实验，在卸载了所有 bio 和 biopython 变体后（只是为了确定，它们实际上并没有安装），我发现

!pip3 install bio
import bio

适用于 anaconda，但不适用于 google colab。如果我import Bio 带有大写字母 B，它对它们都不起作用。

!pip3 install bio
import os
os.environ['PYTHONCASEOK'] = '1'
import Bio
print("All's well")

在 Jupyter 上工作，但在协作时出错“ModuleNotFoundError: No module named 'Bio'”。导入小写 bio 的行为相同。

# Solution that works on both colab.google.com and 
# Anaconda Navigator Jupyter notebooks
!pip3 install biopython
import os
os.environ['PYTHONCASEOK'] = '1'
import Bio

适用于 Anaconda Jupyter 和 Google Colab。如果您将案例更改为“import bio”，它将停止在 Google 上运行。