导入 PyMC 时出错答案

【问题标题】：Error when importing PyMC导入 PyMC 时出错
【发布时间】：2014-09-15 09:37:39
【问题描述】：

我刚刚使用 anaconda (Anaconda 2.0.1) 和我从 pymc 分发页面复制的以下命令在我的 mac (10.9.4) 上安装了 PyMC：

conda install -c https://conda.binstar.org/pymc pymc

在安装过程中一切似乎都很好（没有错误消息，所有获取都已完成）。然后当我导入它时，我收到以下错误消息：

>>> import pymc
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/anaconda/lib/python2.7/site-packages/pymc/__init__.py", line 30, in <module>
    from .CommonDeterministics import *
  File "/anaconda/lib/python2.7/site-packages/pymc/CommonDeterministics.py", line 21 in <module>
    from .utils import safe_len, stukel_logit, stukel_invlogit, logit, invlogit, value, find_element
  File "/anaconda/lib/python2.7/site-packages/pymc/utils.py", line 14, in <module>
from . import flib
ImportError: dlopen(/anaconda/lib/python2.7/site-packages/pymc/flib.so, 2): Library not loaded: /usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran/lib/libgfortran.3.dylib
  Referenced from: /anaconda/lib/python2.7/site-packages/pymc/flib.so
  Reason: image not found

我是 python 新手，我真的不知道接下来要做什么才能不搞砸。我输入这个来查找其他包：

 binstar search -t conda pymc

 Packages:
                      Name | Access       | Package Types   | Summary             
 ------------------------- | ------------ | --------------- | --------------------
             asmeurer/pymc | public       | conda           | https://github.com/pymc-devs/pymc
                auto/pymcu | published    | conda           | http://www.pymcu.com
             bkreider/pymc | public       | conda           | https://github.com/pymc-devs/pymc
      datamicroscopes/pymc | public       | conda           | None                
           fonnesbeck/pymc | public       | conda           | https://github.com/pymc-devs/pymc
             jonsedar/pymc | public       | conda           | None                
                 pymc/pymc | public       | conda           | None                
             rsignell/pymc | public       | conda           | Markov Chain Monte Carlo sampling toolkit.
          tobeplugged/pymc | public       | conda           | None                
           tomku-test/pymc | published    | conda           | https://github.com/pymc-devs/pymc

那么，我是否应该尝试使用这些软件包之一重新安装 pymc，如果是，命令是否如下？：

 conda install -c https://github.com/pymc-devs/pymc pymc

我应该删除以前安装的第一个包吗？否则新安装将覆盖（？）。或者，修复我之前发现的那些错误可能很容易？

谢谢

【问题讨论】：

标签： python anaconda pymc

【解决方案1】：

gfortran 现在似乎是gcc 的一部分

注意：下面需要一些时间，我花了 80 分钟在 MacBook pro 上安装它
brew install gcc

顺便说一句，如果您想使用 PyMC 并且不使用 anaconda 发行版，上述似乎也是必需的安装

【讨论】：

【解决方案2】：

您缺少 gfortran。如果你还没有先安装brew:

ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"

按照说明进行操作，一旦正确设置了 brew，只需执行以下操作：

brew install gfortran

【讨论】：

嘿，谢谢。几个问题。 ruby 是一个安装程序，对吧？它是mac中的内置工具，还是我应该先安装它？而且，如果我键入“brew install”命令，它会将 gfortran 放在适当的目录中吗？我只是想知道是否有办法使用 anaconda 来做到这一点，所以我以后没有“路径问题”......只是想知道，如果没有，我会管理。
我解决了从这里安装 gfortran：gcc.gnu.org/wiki/GFortranBinaries#MacOS 然后使用“pip install git+github.com/pymc-devs/pymc@2.3”
@Javier，太好了！！只是为了回答您的问题，ruby 已经安装，brew 会将 gfortran 放在适当的目录中。

【解决方案3】：

另一种可行的方法（在 Mac OS X 上）是 conda install -c asmeurer pymc。这将从我的 Binstar 频道连同 pymc 一起安装 gcc 包（包括 gfortran）。

【讨论】：