用pyenv安装anaconda，无法配置虚拟环境

Question

我正在使用 pyenv 来管理 python 安装和虚拟环境——我希望 anaconda 成为这样的安装之一，并且能够使用 anaconda python 创建虚拟环境。使用pyenv install anaconda3-2019.03成功安装，我可以用pyenv global anaconda3-2019.03激活版本：

SamLee-PC:~ max$ pyenv versions
  system
  2.7.10
  2.7.10/envs/flask_tutorial
* 3.7.4 (set by /Users/max/.pyenv/version)
  3.7.4/envs/learning_python
  3.7.4/envs/microblog
  3.7.4/envs/stocktool
  3.7.4/envs/test1
  anaconda3-2019.03
  anaconda3-2019.03/envs/datsci
  datsci
  flask_tutorial
  learning_python
  microblog
  stocktool
  test1
SamLee-PC:~ max$ pyenv which python
/Users/max/.pyenv/versions/3.7.4/bin/python
SamLee-PC:~ max$ pyenv global anaconda3-2019.03
(anaconda3-2019.03) SamLee-PC:~ max$ pyenv which python
/Users/max/.pyenv/versions/anaconda3-2019.03/bin/python
(anaconda3-2019.03) SamLee-PC:~ max$ pyenv which conda
/Users/max/.pyenv/versions/anaconda3-2019.03/bin/conda

（不知道为什么python版本只有安装anaconda才会添加到命令提示符）

当我创建一个新的虚拟环境 (pyenv virtualenv anaconda3-2019.03 datsci) 时，它似乎按预期工作：

SamLee-PC:~ max$ pyenv which python
/Users/max/.pyenv/versions/3.7.4/bin/python
SamLee-PC:~ max$ cd code/linkedin/datsci
(datsci) SamLee-PC:datsci max$ pyenv which python
/Users/max/.pyenv/versions/datsci/bin/python
(datsci) SamLee-PC:datsci max$ 

这是pyenv which python在我的其他虚拟环境中返回的相同相对位置，它们都可以正常工作。

问题是在虚拟环境中运行的python版本无法访问所有anaconda的包：

(datsci) SamLee-PC:datsci max$ anaconda-navigator
pyenv: anaconda-navigator: command not found

The `anaconda-navigator' command exists in these Python versions:
  anaconda3-2019.03

(datsci) SamLee-PC:datsci max$ 

如果我手动激活 python 安装，它会这样做：

SamLee-PC:~ max$ pyenv global anaconda3-2019.03
(anaconda3-2019.03) SamLee-PC:~ max$ anaconda-navigator
WARNING: The conda.compat module is deprecated and will be removed in a future release.
/Users/max/.pyenv/versions/anaconda3-2019.03/lib/python3.7/site-packages/anaconda_navigator/api/conda_api.py:1364: YAMLLoadWarning: calling yaml.load() without Loader=... is deprecated, as the default Loader is unsafe. Please read https://msg.pyyaml.org/load for full details.
  data = yaml.load(f)
2019-09-21 14:03:38,666 - ERROR download_api._download:234
Invalid url https://www.anaconda.com/wp-content/uploads/2017/05/Webinar20-20Three20Ways20to20Move20your20Data20Science20Projects20to20Production.png
#anaconda navigator GUI opens

（奇怪的是，datsci 指向的python 版本确实 似乎可以识别 conda：

(datsci) SamLee-PC:datsci max$ pyenv which python
/Users/max/.pyenv/versions/datsci/bin/python
(datsci) SamLee-PC:datsci max$ conda
usage: conda [-h] [-V] command ...

conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.

...

问题在于，据我了解，每当我想要 anaconda 时以这种方式激活 python 版本意味着我只能访问 anaconda python 的一个版本 - 违背了在虚拟环境中使用它的目的。

还有一个难题 - 我注意到对于我的其他虚拟环境，~/.pyenv/versions/name-of-virtualenv 包含一个文件 pyvenv.cfg，其中包含例如以下：

  1 home = /Users/max/.pyenv/versions/3.7.4/bin                                                                   
  2 include-system-site-packages = false
  3 version = 3.7.4

~/.pyenv/versions/datsci中没有这个文件，所以我加了一个：

  1 home = /Users/max/.pyenv/versions/anaconda3-2019.03/bin                                                       
  2 include-system-site-packages = false
  3 version = anaconda3-2019.03

无济于事。

FWIW 该目录的内容是：

(anaconda3-2019.03) SamLee-PC:datsci max$ pwd
/Users/max/.pyenv/versions/datsci
(anaconda3-2019.03) SamLee-PC:datsci max$ ls
bin     conda-meta  include     lib     pyvenv.cfg  share       ssl
(anaconda3-2019.03) SamLee-PC:datsci max$ 

我想知道我在pyvenv.cfg 文件中的 datsci 内容是否有误...但我不知所措。

我真的很喜欢 pyenv 的工作方式，我想继续使用它。有没有办法配置 anaconda 在 pyenv 下正常运行？

更新：

我卸载了我的 pyenv 管理的 anaconda，并按照 Simba 的建议进行了全新安装。现在默认情况下 pyenv 确定活动的 python 安装，我可以使用conda activate base 激活 conda：

Maxs-MacBook-Air:~ max$ which python
/Users/max/.pyenv/shims/python
Maxs-MacBook-Air:~ max$ conda activate base
(base) Maxs-MacBook-Air:~ max$ which python
/Users/max/anaconda3/bin/python
(base) Maxs-MacBook-Air:~ max$ 

但是在使用conda create --name datsci 创建新的 conda 环境后，新的 conda 环境似乎无法正常激活：

Maxs-MacBook-Air:~ max$ conda activate datsci
(datsci) Maxs-MacBook-Air:~ max$ which python
/Users/max/.pyenv/shims/python

我错过了什么？

这是我.bash_profile的内容：

  1 export PATH="/Users/max/.pyenv/bin:$PATH"                                                                                                                                                                                                 
  2 eval "$(pyenv init -)"
  3 eval "$(pyenv virtualenv-init -)"
  4 
  5 # >>> conda initialize >>>
  6 # !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
  7 __conda_setup="$('/Users/max/anaconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
  8 if [ $? -eq 0 ]; then
  9     eval "$__conda_setup"
 10 else
 11     if [ -f "/Users/max/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
 12         . "/Users/max/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh"
 13     else
 14         export PATH="/Users/max/anaconda3/bin:$PATH"
 15     fi
 16 fi
 17 unset __conda_setup
 18 # <<< conda initialize <<<

复制 Simba 的 .bash_profile? 中的 if 语句是否重要

更新 2：

问题解决了，我必须在新环境中安装python。

Answer 1

个人建议：不要使用pyenv来安装Anaconda或者Miniconda。

pyenv 和 conda 都能够管理不同的 python 环境。 pyenv 安装的 anaconda 只能用作 Python 解释器。从 pyenv 安装的 anaconda 创建 Python 环境仍然由 pyenv virtualenv 处理，但不是 conda env create。

我一直在同时使用这两个工具。事实证明，最好的解决方案是分别安装conda、pyenv，并分别管理它们的虚拟环境。

1. 总是初始化pyenv
2. 只公开命令conda，不激活任何环境

详情

安装pyenv。

正常安装 Anaconda 或 Miniconda，而不是 pyenv install。

确保 pyenv 和 conda 命令在交互式 shell 中可用。

通过将以下内容放入 shell 初始化文件来初始化 pyenv（.bashrc 用于 Bash，.zshrc 用于 ZSH）。

# Put the content into ~/.bashrc or ~/.bash_profile for Bash,
# .zshrc for ZSH

# you may need to add dir of command `pyenv` into PATH,
# if command pyenv is not available yet

if command -v pyenv &>/dev/null; then
    eval "$(pyenv init -)"
fi
if command -v pyenv-virtualenv &>/dev/null; then
    eval "$(pyenv virtualenv-init -)"
fi

公开命令conda，但不要激活任何环境，即使是base 环境。在您的 shell 中执行以下命令。

# Run the content in the shell

# init conda, the following command write scripts into your shell init file automatically
conda init

# disable init of env "base"
conda config --set auto_activate_base false

注意：在这个设置之后，默认的python是pyenv global设置的那个。使用pyenv 和conda 分别管理环境。

管理虚拟环境的示例。

# virtual environments from pyenv
pyenv install 3.6.9
pyenv virtualenv 3.6.9 new-env
pyenv activate new-env
pyenv deactive
# You can also use `pyenv local`


# virtual environments from conda
conda env create new-env python=3.6
conda env list
conda activate new-env
conda deactivate

pyenv 的默认环境位置是 ~/.pyenv/versions。

conda 的默认环境位置，检查来自 conda info 的输出。

参考文献

• pyenv installation
• pyenv virtualenv installatoin
• How do I prevent Conda from activating the base environment by default?