Ubuntu 升级后在 R 应用程序中检测到堆栈粉碎答案

【问题标题】：stack smashing detected in R application after Ubuntu upgradeUbuntu 升级后在 R 应用程序中检测到堆栈粉碎
【发布时间】：2016-05-13 19:17:57
【问题描述】：

昨晚我将我的电脑升级到了 Ubuntu 16.04。今天我无法在 Jupyter 中创建 R 笔记本。以前我可以在 Jupyter 的 R 中工作。

我修复的第一个错误是 R 的 zmq 库的某种问题。内核一直在停止：

[I 14:41:28.584 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (1/5)
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
  unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/rzmq/libs/rzmq.so':
  libzmq.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous>
Execution halted

我下载并安装了 rzmq，这个问题就消失了。

现在我看到了这个错误：

[I 14:55:40.860 NotebookApp] Kernel started: 98fbc635-6ba4-4e99-88aa-85e49c6e8e8b
*** stack smashing detected ***: /usr/lib/R/bin/exec/R terminated
[I 14:55:43.860 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (1/5)
[W 14:55:50.897 NotebookApp] Timeout waiting for kernel_info reply from 98fbc635-6ba4-4e99-88aa-85e49c6e8e8b
*** stack smashing detected ***: /usr/lib/R/bin/exec/R terminated

R 可执行文件中是否存在某种损坏？我尝试重新安装 R：

sudo apt-get install --reinstall r-base r-base-dev

虽然没有改变。

当我从命令行运行 R 时，它运行良好，但后来我注意到：

jim@main:~/Projects/learning/introduction_to_statistical_learning$ which R
/usr/bin/R

与 jupyter 正在使用的可执行文件不同的路径。

请注意，jupyter 正在运行我的 anaconda 安装，而且我是 R 新手。

如何让它再次工作？

编辑：

我发现了这个：

https://github.com/conda/conda-recipes/issues/558

这表明 conda 和 gcc 存在一些已知问题。目前尚不清楚如何解决此问题。

【问题讨论】：

那么您是否安装了 ZeroMQ 库和 rzmq 包？ cran.r-project.org/web/packages/rzmq/index.html
我已经安装了 rzmq 并且可以加载该库。我也试过 apt-get install libzmq-dev 和 libzmq3-dev，但都没有解决问题。
我什至尝试从源代码编译 zmq。
可以使用 Python 接口加载库吗？运行 R 的两个实例之间的.libPaths() 可能存在差异。
我不太明白你在说什么。当我从 shell 运行 R 并调用 .libPaths() 时，我确实看到了： > .libPaths() [1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/站点库" [3] "/usr/lib/R/library"

标签： r ubuntu jupyter-notebook

【解决方案1】：

我刚刚通过创建 Anaconda R 环境并将 Jupyter R 内核指向 Anaconda 的可执行文件来使其工作。这是一个全面的工作，但设置比以前更干净，因为我更愿意使用 Anaconda 环境。

https://www.continuum.io/blog/developer/jupyter-and-conda-r

【讨论】：