jupyter nbconvert 不保存实际输出

Question

我有一个在不同数据集上运行的笔记本脚本。我想在每次运行时将脚本（包括输出单元格）保存在数据文件夹中。

我在 jupyter 中运行的脚本末尾放置了以下命令。我打算将我在屏幕上看到的大部分内容保存到 HTML 文件中。

"here is my notebook script with inputs and ouput including graphs"

cmd='jupyter nbconvert --to html odnp_postprocessing.ipynb --output-dir '+dataFolder
os.system(cmd)

但是，nbconvert 不会导出实际的单元格。它只会在我第一次运行时打印出输入单元格而不输出，但如果我重新运行，它最终会同时导出输入和输出。但是，如果我更改脚本中的某些内容，它将始终导出第一个版本。然后我发现的唯一方法是重新启动内核并重新运行（两次）修改后的新脚本。

基本上，看起来 nbconvert 导出某种类型的缓冲区，而不是用户看到的实际输入和输出单元。

我想做的事，每次运行时都会以编程方式将我的笔记本（输入和输出）保存为 HTML。

是否有保存当前笔记本版本的命令？我尝试在 nbconvert 命令之前添加 %notebook，但也保存了一大堆旧输入。

我知道我可以在 nbconvert 中运行笔记本，但我想避免它，因为我已经在 jupyter 中手动运行它。

有什么想法吗？

我在 Chrome 浏览器中通过 enthought canopy 使用 jupyter。

谢谢

Answer 1

您并没有准确地告诉我们您是如何运行 nbconvert 的；从当前的笔记本？因此很难弄清楚事情。

Nbconvert 转换当前文件在磁盘上的样子；作为一个疯狂的猜测：你还没有保存你的文件。如果您不保存文件，则 nbconvert 可能无法访问单元格的输出；当你第二次运行自动保存时再次疯狂猜测。

记住： - Nbconvert 不执行文件 - Nbconvert 是一个单独的进程，它无法神奇地访问浏览器中的内容，这可能是另一台机器。

通常是这样想的：

• 运行笔记本；
• 保存笔记本
• 关闭笔记本
• 运行 nbconvert。
• 重新打开笔记本。

如果您在笔记本末尾使用此命令以另一种格式保存它，那么您正在寻找的是save hooks，它将在您每次保存笔记本时触发一些代码 - 服务器端。

旁注，了解如何run shell command in IPython； ! 可用于在 CWD 中执行 shell 命令并进行变量插值。