在 R 中使用 facet_grid 将 Kruskal Wallis pvalue 添加到箱线图中时出错答案

【问题标题】：在 R 中使用 facet_grid 将 Kruskal Wallis pvalue 添加到箱线图中时出错
【发布时间】：2022-01-22 17:20:50
【问题描述】：

我正在尝试将 Kruskal Wallis pvalue 添加到我的箱线图中，虽然我已经看到很多关于该解决方案的帖子，但我无法让它发挥作用。

这是我的数据和运行箱线图的代码：

library(ggplot2)
library(dplyr)
set.seed(1234)
Gene <- floor(runif(25, min=0, max=101))
Age <- floor(runif(25, min=18, max=75))
Group <- c("Group1", "Group1", "Group3", "Group2", "Group1", "Group3", "Group2", "Group2", "Group2", "Group1", "Group1", "Group3", "Group1", "Group2", "Group1", "Group2", "Group3", "Group1", "Group3", "Group3", "Group2", "Group1", "Group3", "Group3","Group2")


df <- data.frame(Gene, Age, Group)

mybreaks <- seq(min(df$Age)-1, to=max(df$Age)+10, by=10)
df$groups_age <- cut(df$Age, breaks = mybreaks, by=10)

bp <- ggplot(df, aes(x=groups_age, y=Gene, group=groups_age)) + 
  geom_boxplot(aes(fill=groups_age)) + 
  facet_grid(. ~ Group)

bp

在这个post 中，我看到了一种方法，但是当我尝试做同样的事情时，我得到了这个错误Error in FUN(X[[i]], ...) : object 'groups_age' not found 并且没有显示情节。

代码：

pv <- df %>%
  group_by(Group) %>%
  summarize(Kruskal_pvalue = kruskal.test(Gene ~ groups_age)$p.value)

bp <- ggplot(df, aes(x=groups_age, y=Gene, group=groups_age)) + 
  geom_boxplot(aes(fill=groups_age)) + 
  facet_grid(. ~ Group) +
  geom_text(data=pv, aes(x=2, y=75, label=paste0("Kruskal-Wallis\n p=",Kruskal_pvalue)))
bp

请注意，我手动放置了 x 和 y，只是为了放置值。但是，我想更自动地完成它，这取决于基因的价值是否会发生变化。

有谁知道我为什么会收到这个错误以及为什么它不起作用？

提前非常感谢

问候

【问题讨论】：

标签： r ggplot2 boxplot facet-grid kruskal-wallis

【解决方案1】：

问题是你让group=groups_age 成为一种全球审美。所有层都将继承全局 aes，因此所有层都将在提供给层的数据中查找名为 groups_age 的列。由于geom_text 中使用的数据pv 不包含此名称的列，因此您会收到错误消息。

要解决您的问题，您可以删除group=groups_age，因为您的情况不需要它。对于更一般的情况，您必须更具体地制作 local 或 global aes。此外，每个 geom 都有一个 inherits.aes 参数（默认为 TRUE）以防止全局 aes 被继承：

library(ggplot2)

bp <- ggplot(df, aes(x = groups_age, y = Gene)) +
  geom_boxplot(aes(fill = groups_age)) +
  facet_grid(. ~ Group) +
  geom_text(data = pv, aes(x = 2, y = 75, label = paste0("Kruskal-Wallis\n p=", Kruskal_pvalue)))
bp

^{由reprex package (v2.0.1) 于 2021 年 12 月 21 日创建}

【讨论】：