R：基于列条件的线覆盖密度图答案

【问题标题】：R: overlay density plot with lines based on condition of a columnR：基于列条件的线覆盖密度图
【发布时间】：2021-08-18 19:44:34
【问题描述】：

我有一个数据框，它由一列条件（字符串）和多列数值组成。对于每一列，我想创建一个叠加密度图，其中每条线代表一个条件。我找到了许多解决方案，将每一列作为一条线覆盖在同一个图上，但不是如何通过根据条件分组来创建线。由于这是一个大型数据集，我宁愿不手动指定组。

condition	c2	c3	c4
b	1	0	2
c	3	1	2
a	5	0	1
a	2	4	3
c	1	1	1
b	2	3	3
a	1	0	2
c	3	1	2
c	6	0	2
a	2	0	1
c	1	3	1
b	4	3	0

使用此示例数据，我想为 2-4 列中的每一列绘制一个密度图。每个图应该有 3 行（代表 a、b 和 c）。

我最好用 ggplot 来做这个。

【问题讨论】：

标签： r ggplot2 density-plot

【解决方案1】：

另一个选项是ggdensity

library(ggpubr)
out <- ggdensity(df, x = c("c2", "c3", "c4"), color = "condition",
         fill = "condition")
ggarrange(plotlist = out, ncol = 2, nrow = 2)

-输出

数据

df <- structure(list(condition = c("b", "c", "a", "a", "c", "b", "a", 
"c", "c", "a", "c", "b"), c2 = c(1L, 3L, 5L, 2L, 1L, 2L, 1L, 
3L, 6L, 2L, 1L, 4L), c3 = c(0L, 1L, 0L, 4L, 1L, 3L, 0L, 1L, 0L, 
0L, 3L, 3L), c4 = c(2L, 2L, 1L, 3L, 1L, 3L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 
0L)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -12L))

【讨论】：

是否有一种简单的方法可以在每个图上叠加另一条线以获得所有 3 个条件的平均密度？
@keenan 你需要add = "mean" 即out <- ggdensity(df, x = c("c2", "c3", "c4"), color = "condition", fill = "condition", add = "mean")
这会为每个条件添加一条水平平均线。我希望有一条线显示整体的平均密度，无论条件如何。所以本质上是在完全不考虑条件的情况下覆盖另一个密度图。
@keenan 您能否将其作为新问题发布，因为这可能需要更多修改

【解决方案2】：

ggplot(df, aes(x = value, fill = condition)) + 
    geom_density(alpha = 0.5) +
    facet_wrap(~name, scales = "free_x") +
    theme_classic()

【讨论】：

【解决方案3】：

library(tidyr)
library(ggplot2)

df %>% 
  pivot_longer(-condition) %>% 
  ggplot(aes(value, color = condition)) +
  geom_density() + 
  facet_wrap(~ name)

编辑感谢 Brenton M. Wiernik 的评论，我们可以使用 scales = "free" 单独缩放所有地块。

df %>% 
  pivot_longer(-condition) %>% 
  ggplot(aes(value, color = condition)) +
  geom_density(alpha = .3) +
  facet_wrap(~ name, scales = "free")

【讨论】：

我的正常数据集中的值之间的差异太大，所以我认为我需要单独制作每个图。我是否需要为每个数据框制作不同的更长的数据框？或者有没有一种简单的方法来指定使用哪一列？或者以不同的方式缩放每一个？
将scales = "free_x" 添加到facet_wrap() 函数到所有要单独缩放的方面（此处为变量）。
@Matin Gal 使用 fill 而不是 color。
或者同时使用。 ;-)