在 HTML 输出中使用 summary(CreateTableOne)

Question

我使用 CreateTableOne 函数为描述性统计创建一个表 - 例如，我使用了 mtcars 数据集（并将两个变量修改为一个因子来模拟分类变量）。

library(tableone)

mydata <- mtcars

mydata$gear <- as.factor(mydata$gear)
mydata$carb <- as.factor(mydata$carb)

VarsForTableOne <- c("mpg", "cyl", "disp", "hp", "drat", "wt", "gear", "carb")

myTableOne <- CreateTableOne(vars = VarsForTableOne, data = mydata, strata = "vs")
summary(myTableOne)

myTableOne$ContTable
myTableOne$CatTable

现在我想为具有连续方面（最小值、平均值、中值、最大值、四分位数）的数据和每个变量的每个特征的分类数据（百分比）获取一个表格。

summary(myTableOne) 生成所有我感兴趣的信息，但 myTableOne$ContTable 和 myTableOne$CatTable 还不够。有没有办法自定义 CreateTableOne 的输出？

最后我想得到一个可以在 Markdown 中格式化为 HTML 和/或复制到 Excel 的表格。

感谢您的帮助！

Answer 1

我不确定{tableone}，但这里有一个使用包{crosstable} 的解决方案。

免责声明：我是这个包的作者。

library(crosstable)
mydata <- mtcars
mydata$gear <- as.factor(mydata$gear)
varsForDescription <- c("mpg", "cyl", "gear")

crosstable(mydata, cols=any_of(varsForDescription), 
           by=vs, test=TRUE) %>% 
   as_flextable()
#> Warning: Be aware that automatic global testing should only be done in an exploratory context, as it would cause extensive alpha inflation otherwise.
#> This warning is displayed once every 8 hours.

^{由reprex package (v2.0.1) 于 2021 年 10 月 24 日创建}

您可以完全自定义对连续变量使用哪个汇总函数（例如，尝试funs=c(mean=mean, "std error"=sd)）以及如何计算百分比（例如，尝试margin=c("row", "col")）。

在这里，我使用flextable() 输出可以嵌入到 RMarkdown 或 MS Word 中的 HTML 表格，但我可以使用 as_workbook() 输出可以导出到 Excel 的openxlsx 工作簿。

您可以在the documentation 中阅读更多相关信息，还有许多其他可能感兴趣的功能。