在R中的相关矩阵上应用阈值答案

【问题标题】：Applying threshold on correlation matrix in R在R中的相关矩阵上应用阈值
【发布时间】：2014-10-21 13:00:18
【问题描述】：

我目前正在使用 R 处理数据集。我已经为我的变量创建了一个相关矩阵（Pearson）。但是现在我想为矩阵中显示的值设置一个阈值。我正在尝试以下代码：

cor_relation = cor(mydata_frame, use="all.obs", method="pearson")

我得到以下输出：

             200605_s_at      202592_at      202958_at
200605_s_at  1.000000000     0.295065389     0.169772244
202592_at    0.695065389     1.000000000     -0.534394180
202958_at    0.869772244     -0.534394180    1.000000000

我想找到以下输出（当我把阈值设置为 0.6 时）：

             200605_s_at      202592_at      202958_at
200605_s_at  1.000000000        NA              NA
202592_at    0.695065389     1.000000000        NA
202958_at    0.869772244        NA           1.000000000

提前感谢您的帮助！

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

备用：

cor_relation[abs(cor_relation) < 0.6] <- NA

【讨论】：

谢谢，它工作得很好。但我必须删除“abs”，否则它也会显示负值，而我只需要正值。

【解决方案2】：

is.na(cor_relation) <- abs(cor_relation) < 0.6

会将绝对值小于 0.6 的所有系数替换为NA。

【讨论】：

这在内部是如何工作的？我认为 R 不能通过引用来修改东西......
@Alex 对象没有就地修改而是复制了两次。试试tracemem(cor_relation) 并运行上面的命令。