【发布时间】:2012-01-11 18:36:25
【问题描述】:
我正在为 Python 编写一个 C 扩展,它应该在对数据进行操作时释放全局解释器锁。我想我已经很好地理解了 GIL 的机制,但是还有一个问题:我可以在线程不拥有 GIL 的情况下访问 Python 对象中的数据吗?例如,我想从 C 函数中的(大)NumPy 数组中读取数据,同时我仍然希望允许其他线程在其他 CPU 内核上执行其他操作。 C函数应该
- 使用
Py_BEGIN_ALLOW_THREADS发布 GIL - 在不使用 Python 函数的情况下读取和处理数据
- 甚至将数据写入之前构建的 NumPy 数组
- 使用
Py_END_ALLOW_THREADS重新获取 GIL
这样安全吗?当然,其他线程不应该更改 C 函数使用的变量。但也许有一个隐藏的错误来源:Python 解释器是否可以移动一个对象,例如。通过某种垃圾收集,而 C 函数在单独的线程中处理它?
为了用一个最小的例子来说明这个问题,请考虑下面的(最小但完整的)代码。用
编译它(在Linux上)gcc -pthread -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -fPIC -I/usr/lib/pymodules/python2.7/numpy/core/include -I/usr/include/python2.7 -c gilexample.c -o gilexample.o
gcc -pthread -shared gilexample.o -o gilexample.so
并在 Python 中使用
对其进行测试import gilexample
gilexample.sum([1,2,3])
Py_BEGIN_ALLOW_THREADS 和 Py_END_ALLOW_THREADS 之间的代码安全吗?它访问 Python 对象的内容,我不想在内存中复制(可能很大)数组。
#include <Python.h>
#include <numpy/arrayobject.h>
// The relevant function
static PyObject * sum(PyObject * const self, PyObject * const args) {
PyObject * X;
PyArg_ParseTuple(args, "O", &X);
PyObject const * const X_double = PyArray_FROM_OTF(X, NPY_DOUBLE, NPY_ALIGNED);
npy_intp const size = PyArray_SIZE(X_double);
double * const data = (double *) PyArray_DATA(X_double);
double sum = 0;
Py_BEGIN_ALLOW_THREADS // IS THIS SAFE?
npy_intp i;
for (i=0; i<size; i++)
sum += data[i];
Py_END_ALLOW_THREADS
Py_DECREF(X_double);
return PyFloat_FromDouble(sum);
}
// Python interface code
// List the C methods that this extension provides.
static PyMethodDef gilexampleMethods[] = {
{"sum", sum, METH_VARARGS},
{NULL, NULL, 0, NULL} /* Sentinel - marks the end of this structure */
};
// Tell Python about these methods.
PyMODINIT_FUNC initgilexample(void) {
(void) Py_InitModule("gilexample", gilexampleMethods);
import_array(); // Must be present for NumPy.
}
【问题讨论】:
-
我过去做过这样的事情,我发现最简单的方法是使用
ctypes调用你的C 函数。为您的 C 函数提供一个纯 C 接口,而不引用 Python 或 NumPy,并在 Python 中编写简单的包装器,接受 NumPy 数组并将它们转换为适当的 C 参数。我在this answer 中举例说明了如何做到这一点。 -
@Sven:你知道
ctypes是否在内存中制作了数组的工作副本吗? (1) 是的。在这种情况下,我不想要它,因为我正在处理大型输入数组。 (2) 否。那么我的问题是否可以解除 GIL 仍然有效。但是,在情况 (2) 中,ctypes行为将暗示解除 GIL 可能没有问题,在不使用 ctypes 的代码中也是如此。有谁知道(1)或(2)是否成立? -
不,
ctypes不会复制数组。它会为您释放 GIL,因此您不必关心它。使用ctypes的优点是简单——您必须在 Python 中时从 NumPy 数组中提取所有必要的元信息,并且 GIL 会适时发布。我使用这种方法从多个线程同时访问 NumPy 数组中的数据。 (请注意,对同一内存的并发写访问永远不会保存。) -
谢谢,Sven,这是迄今为止对我最有帮助的评论,即使它与最初的问题有点偏离
ctypes。如果我可以将评论标记为“已接受的答案”,就是这样。我想知道ctypes是否比上面的显式小示例在内部保护内存方面做得更多,但对于一个实际的解决方案,现在知道ctypes存在一个好方法就足够了。 -
我把它写成评论而不是答案,因为它离题了。
ctypes没有做任何事情来保护内存。将 NumPy 数组作为参数传递给 C 函数的代码实际上是在 NumPy 中,而不是在ctypes中——ctypes是标准库的一部分,不知道 NumPy。代码所做的只是提取指向基础数据的指针并将其传递给ctypes,因此ctypes甚至不知道数据的大小。稍后我会写一个更中肯的答案。
标签: python numpy python-c-api