使用 perl 变量执行系统答案

【问题标题】：execute system with perl variable使用 perl 变量执行系统
【发布时间】：2014-10-28 17:22:26
【问题描述】：

我想在 perl 脚本中执行一个 bash 命令。我知道该怎么做，但是，当我尝试将命令保存在变量中然后执行它时......我遇到了问题。

这在我的 perl 脚本中完美运行：

system("samtools", "sort", $file, "01_sorted.SNP");

这不起作用，我想知道为什么，以及如何解决...：

my $cmd = "samtools sort $file 01_sorted.SNP";
print "$cmd\n";  # Prints the correct command BUT...
system($cmd);

错误：

open: No such file or directory

任何帮助将不胜感激，谢谢！

【问题讨论】：

标签： perl system

【解决方案1】：

你在后面的 sn-p 中有注入错误。我的意思是，当你构建你的 shell 命令时，你忘记将$file 的值转换为产生$file 值的shell 文字。这么多，所以我将在下面说明它的含义。

说$file 包含a b.txt。

my @cmd = ("samtools", "sort", $file, "01_sorted.SNP");
system(@cmd);

等价于

system("samtools", "sort", "a b.txt", "01_sorted.SNP");

这会执行samtools，并将三个字符串sort、a b.txt 和01_sorted.SNP 作为参数传递给它。

my $cmd = "samtools sort $file 01_sorted.SNP";
system($cmd);

等价于

system("samtools sort a b.txt 01_sorted.SNP");

这会执行shell，将字符串作为要执行的命令传递。

反过来，shell 将执行samtools，将四个字符串sort、a、b.txt 和01_sorted.SNP 作为参数传递给它。

samtools找不到文件a，所以报错。

如果需要构建 shell 命令，请使用String::ShellQuote。

use String::ShellQuote qw( shell_quote );
my $cmd = shell_quote("samtools", "sort", "a b.txt", "01_sorted.SNP");
system($cmd);

等价于

system("samtools sort 'a b.txt' 01_sorted.SNP");

这会执行shell，将字符串作为要执行的命令传递。

反过来，shell 将执行samtools，将三个字符串sort、a b.txt 和01_sorted.SNP 作为参数传递给它。

【讨论】：

【解决方案2】：

open: No such file or directory 的错误看起来不像 perl 打印的错误，因为system 不会为您打印任何错误。这可能是由samtools 打印的，所以只需检查您的文件名——$file 和01_sorted.SNP——是否正确并且文件是否存在。此外，如果$file 包含空格，请将其名称放在命令行中的引号中。或者，更好的是，按照 cmets 中的建议使用 system(@args)。

如果您没有任何想法，请使用strace 运行您的脚本：

strace -f -o strace.log perl yourscript.pl

并检查strace.log 以查看哪个open 调用失败。

【讨论】：